Ramachandran-kuvaaja

Ramachandran-kuvaaja (eli Ramachandran-diagrammi, phi-psi-kuvaaja tai kiertokulmadiagrammi) kuvaa proteiinin pääketjun φ (phi)-kiertokulmia ψ (psi)-kiertokulmiin nähden. Kuvaajan x-akselilla on φ-kulmat ja y-akselilla ψ-kulmat. Kuvaajan kehitti intialainen Gopalasamudram Narayana Ramachandran.

Ramachandran-kuvaajasta nähdään esimerkiksi proteiinin sisältämiä sekundäärirakenteita, sillä eri sekundäärirakenteet (alfa-kierre ja beta-laskos) sijoittuvat eri kohtiin Ramachandran -kuvaajaa. Kuvaajan avulla voidaan myös arvioida kolmiulotteisesti mallinnetun proteiinimallin onnistuneisuutta.

Eri aminohapot näkyvät Ramachandran-kuvaajassa eri tavalla rakenne-erojensa vuoksi. Pienimpien aminohappojen glysiinin ja alaniinin lyhyillä sivuketjuilla on suuri kiertymismahdollisuus, ja niiden sijoittuminen Ramachandran kuvaajassa vaihtelee. Proliini taas on konservatiivisin sijoittumisessaan kuvaajaan.

Aiheesta muualla

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.