Metal Gear Solid 2: Substance

VR Missionsit ovat virtuaalitodellisuuteen sijoittuvia harjoitustehtäviä, joissa pelaaja voi kehittää pelitaitojansa ja opetella uusia liikkeitä, jolloin yksinpelin pelaaminen helpottuu huomattavasti. Pelissä on yli 350 erilaista VR Missionsia. Tehtävätyypit ovat:

• Sneaking Mode — Hiiviskele kohteeseen siten, ettei yksikään vihollinen huomaa pelihahmoa. Pelaaja voi valita kaksi pelimoodia: No Weapon (pelihahmolla ei ole aseita) ja Eliminate All (pelihahmon täytyy tappaa kaikki viholliset kenenkään huomaamatta).
• Weapon Mode — Tuhoa maalit valitsemallasi aseella. Pelaaja saa lisäpisteitä osumatarkkuuden mukaan.
• First Person View Mode — Pelaaja suorittaa tehtäviä, jotka esitetään pelihahmon näkökulmasta nähtynä.
• Variety Mode — Sekalaisia tehtäviä, joissa on pelaajan täytyy suorittaa erilaisia tavoitteita.

Alternative Missionsit ovat haastavampia tehtäviä kuin VR Missionsit ja tehtävien aikana ollaan Sons Of Libertyssä nähdyissä maisemissa

• Bomb Disposal Mode - Pura kaikki pommit valitulta alueelta ennen aikarajan täyttymistä. Raiden(Ninja)lla, Pliskinillä, Tuxedo Snakella & MGS1Snakella on erityissääntö, että pommien lähelle ei saa tulla 2 metrin säteellä

• Elimination Mode- Tapa kaikki viholliset ja mene maaliin ennen aikarajan täyttymistä

• Hold Up Mode- "Pidätä" kaikki viholliset, ettei viholliset näe sinua. Käytä hyödyksi kaikkia tavaroitasi

• Photograph Mode- Kuvaa tietty kohde ennen aikarajan täyttymistä. Vihollinen ei saa nähdä sinua

Pelaaja saa tietyllä pelihahmolla pelattavat tehtävät suoritettuaan avattua käyttöönsä uusia hahmoja, joilla on taas aivan omat tehtävänsä. Pelaajahahmot ovat:

• Raiden — Raiden käyttäen Metal Gear Solid 2: Sons of Libertyssä nähtyä hiiviskelypukuaan.
• Raiden (Ninja) — Raiden pukeutuneena Metal Gear Solidissa nähdyn kyborgininjan haarniskaan. Kykenee käyttämään ainoana aseenaan katanaa.
• Raiden X — Raiden alastomana ilman aseita.
• Snake — Solid Snake käyttäen Metal Gear Solid 2: Sons of Libertyssä nähtyä hiiviskelypukuaan.
• Pliskin — Snake naamioituneena Navy SEAL-sotilas Iroquois Pliskiniksi.
• Snake (Tuxedo) — Snake pukeutuneena smokkiin.
• Snake (MGS1) — Snake pukeutuneena Metal Gear Solidissa nähtyyn hiiviskelypukuunsa.

Snake Talesit ovat lyhyitä episodeja, joissa pelaaja pääsee ohjaamaan Solid Snakea. Ne sijoittuvat aina tarinamoodin eri paikkoihin, mutta niiden tehtävät ja juonikuviot on uusittu. Juonikuviot eivät kuitenkaan ole yhdistettävissä pelin yksinpelimoodin tarinaan, vaan ne ovat täysin itsenäisiä kappaleita. Valitettavasti Snake Taleseja varten ei ole äänitetty uutta dialogia tai tehty uusia välianimaatioita. Snake Talesit ovat:

• A Wrongdoing — Snake tekee yhteistyötä Richard Amesin kanssa pelastaakseen presidentti James Johnsonin.
• Big Shell Evil — Otaconin pyynnöstä Snake avustaa Emma Emmerichiä pakenemaan venäläisen huumekartellin kynsistä.
• Confidential Legacy — Snake tunkeutuu Sergei Gurlukovichin johtamien palkkasoturien valtaamaan öljytankkeriin jäljittääkseen Meryl Silverburghin.
• Dead Man's Whisper — Iroquois Pliskininä esiintyvä Snake yrittää estää Vampiä tappamasta yhdysvaltalaista sotilaskomentajaa.
• External Gazer — Snake yrittää estää Solidus Snakea tuhoamasta maailmaa.

Skateboarding on vain PlayStation 2 -versiosta löytyvä moodi, jossa pelaaja rullalautailee pelin kahdella päähahmolla, Solid Snakella ja Raidenilla, tarkoituksenaan kerätä kokoon runsaasti pisteitä. Peli käyttää moottorinaan erästä Konamin rullalautailupelin moottoria.

Metal Gear Solid 2: Substance sisältää lisämateriaalinsa lisäksi alkuperäisen Metal Gear Solid 2: Sons of Libertyn, jonka juonta ja pelimekaniikkaa on paranneltu pienillä muokkauksilla. Esimerkkejä:

• Peli sisältää muutamia uusia välianimaatioita, kuten haavoittuneen Fatmanin puhumassa Raidenille.
• Infrapunalasien näyttö on muokattu realistisemman näköiseksi.
• Alkuperäisessä pelissä Solidus Snake sanoo Raidenille: "No more games, Raiden." Substancessa repliikki onkin "No more games, Jack." Virallisen selityksen mukaan Solidus ei käyttäisi kasvattipojastaan tämän koodinimeä.