Mega Man X4

X:n tarina alkaa kohtauksella, jossa salaperäinen hahmo puhuu Repliforcen johtajan Kenraalin (engl. General) kanssa. Hahmo väittää, että Maverick Huntereiden suunnitelma on tuhota Repliforce ja reploidit. Kenraali häätää hahmon pois, koska ei halua rikkoa ihmisten ja reploidien välistä rauhaa. Myöhemmin Repliforcen joukot hyökkäävät korkealla taivaalla sijaitsevaan kaupunkiin, Sky Lagooniin. Hyökkäyksensä takana on kuitenkin alun perin X:n ystävä Magma Dragoon. Kun reploidit alkavat syyttää Repliforcea hyökkäyksestä, vihastunut Kenraali päättää lopettaa Maverick Huntereiden, reploidien ja ihmisten välisen liiton ja julistaa sodan. Kun X tuhoaa kaikki maverickit, mukaan lukien hänen ystävänsä Dragoonin sekä neljä Repliforcen komentajaa, Repliforce aloittaa operaation käynnistää salainen ase. X:n apulainen Double, joka on pullea ja kömpelö, saa käskyn salaperäiseltä hahmolta, joka käskee Doublen estämään Reploidien pääsyn avaruuteen. Double menee X:n perään ja yrittää tuhota tämän, mutta häviää kaksintaistelun ja menehtyy. X kohtaa myöhemmin Kenraalin ja onnistuu voittamaan tämän. Joku toinen alkaa kuitenkin ohjaamaan asetta ja kaappaajaksi paljastuu Sigma. Sigma uhoaa, että X muuttuu myös maverickiksi aivan kuten Dragoon ja Double. Taistelun seurauksena X voittaa Sigman. Kenraali uhraa itsensä ja tuhoaa aseen estääkseen sen osumisen maahan. Zero ottaa X:ään yhteyttä X:n ohjatessa lentoalusta ja keskustelun yhteydessä X pyytää Zerolta, jos X muuttuisi Mavericksi, Zero tuhoasi hänet. Zero ei anna X:lle tunnustusta, että suostuisi tähän ja katkaisee yhteyden, jonka jälkeen peli päättyy.

Zeron tarina alkaa, kun Zero näkee unta, missä hän kohtaa vanhan tiedemiehen, joka paljastuu Dr. Wilyksi. Wily käskee Zeron nousta ja tuhota vihollisensa, joka tarkoittaa Mega Mania. Zero herää, kun hän kuulee hälytyksen Repliforcen hyökkäyksestä Sky Lagoonin kaupunkiin. Zero kohtaa Magma Dragoonin, joka on kääntynyt maverickien puolelle. Jonkin ajan kuluttua Zero löytää Iriksen, joka on saanut pieniä vammoja. Tämän jälkeen hän kohtaa suurikokoisen lohikäärmettä muistuttavan maverickin, joka oli kaapannut Iriksen, ja tuhoaa tämän. Iriksen veli Colonel ilmestyy paikalle ja Zero kysyy, onko hän hyökkäyksen takana. Colonel kiistää osallisuutensa ja kertoo, että hän saapui vain pelastamaan siskonsa Iriksen. Kenraali julistaa sodan reploidien kanssa ja salaperäinen hahmo on tyytyväinen hänen ratkaisuunsa. Päihitettyään neljä maverickia, Colonel haastaa Zeron kaksintaisteluun ja Iriksen vastusteluista huolimatta Zero suostuu. Taistelun alettua Iris tulee kuitenkin väliin ja pyytää taistelun loppumista. Zero ja Colonel vannovat, että he taistelevat vielä kuolemaan asti. Zeron päihitettyä kaikki maverickit, hän kohtaa Colonelin uudelleen ja surmaa tämän. Palattuaan takaisin, hän huomaa, että Iris on hävinnyt päämajasta ja on poistunut Repliforcen kanssa avaruuteen. Zero kohtaa lopulta Iriksen, joka on murtunut veljensä kuolemasta. Zero yrittää lepuutella Iristä, joka lopulta käy tämän kimppuun. Zero ei voi muuta kuin tuhota oman rakkaansa. Iris menehtyy taistelussa saaminsa vaurioihin Zeron käsivarsille, josta Zero on syvästi järkyttynyt. Hän kohtaa Kenraalin ja päihittää tämän, jonka jälkeen alus alkaa tärisemään ja Kenraali sanoo, että joku muu ohjaa sitä. Zero kohtaa salaperäisen hahmon, joka paljastuu Sigmaksi. Sigma kertoo Zeron menneisyydestä, kuinka he kohtasivat aiemmin ennen kuin Sigmasta tuli Maverick ja Zero oli vielä kontrolloimaton maverick. Takaumassa Sigma menettää toisen kätensä Zeron hyökättyä hänen kimppuunsa ja Zero on vähällä tuhota hänet. Yhtäkkiä Zeron otsaa ilmestyy kuitenkin W-merkki, joka on Dr. Wilyn tunnus. Zero sekoaa ja Sigma lyö Zerolta tajun pois, johon takauma päättyy. Zero taistelee Sigman kahta eri muotoa vastaan. Viimeisenä Zero kohtaa Sigman mutantoidussa muodossa. Voitettuaan Sigman, aluksen generaattori sekoaa ja se uhkaa maata. Kenraali ilmestyy paikalle ja uhraa itsensä. Zero pakenee aluksesta ja saa selville, että hän ei voi pelastaa ketään ja että hänen kohtalonsa on tappaa kaikki.

• X:n tarinassa tason valikon kohdassa on Double kuin taas Zeron tarinassa on Iris.
• X saa uuden aseen, kun päihittää uuden maverickin, kun taas Zero saa uuden tekniikan.
• X:n alkuvideossa on Sigma ja Kenraali, mutta Zeron alkuvideossa Zero näkee unta, jossa hän kohtaa oman luojansa Dr. Wilyn.
• Zeron tarinassa on kohtaus, jossa hän taistelee Colonelia vastaan.
• Zero kohtaa lopulta Iriksen, mutta X kohtaa Doublen.
• Kun Zero kohtaa Sigman, näytetään lyhytanimaatio, missä Sigma ja Zero taistelevat toisiaan vastaan. Sigma voittaa taistelun, kun Zero alkaa seota. Zeron kypärässä näkyy vilaukselta Dr. Wilyn logo. Sigma menettää taistelussa toisen kätensä.
• X:n tarinan lopussa Zero ottaa yhteyttä X:ään, mutta Zeron tarinan lopussa Zero saa selville, mikä on hänen kohtalonsa ja näkee takauman Iriksestä.

• Mega Man X - Pelin nimikkohahmo ja päähenkilö
• Zero - Pelin toinen päähenkilö ja X:n paras ystävä
• Colonel - Repliforcen eversti, Zeron ystävä ja Iriksen kaksoisveli
• Iris - Colonelin rauhaarakastava sisko ja Zeron rakkauden kohde
• Double - Kömpelö Maverick Hunter-alokas ja Sigman kaksoisagentti
• General - Repliforcen kenraali ja yksi pelin loppuvastuksista
• Sigma - Muista X-sarjan peleistä tuttu päävastustaja