Ligaasit

Liittäjäentsyymi eli ligaasi (latinan sanasta ligāre – "sitoa yhteen", "liimata yhteen") on entsyymi joka kykenee nopeuttamaan kahden molekyylin yhteensitoutumisen luomalla uuden kemiallisen sidoksen, yleensä toisen kohdemolekyylin, tyypillisesti ATP:n kemiallisen alaryhmän hydrolyysin avulla.[1] Yleisesti ottaen liittäjäentsyymi nopeuttaa seuraavaa reaktiota:

Ab + C → A–C + b

DNA-ligaasi korjaamassa vauriota kromosomissa

tai joskus

Ab + cD → A–D + b + c

jossa pienet aakkoset kuvaavat kemiallisia alaryhmiä.

Liittäjäentsyymien luokittelu

Kaikkien liittäjäentsyymien EC-numero alkaa numerolla 6. EC-numerot määräytyvät eri liittäjäentsyymien nopeuttamien reaktioiden mukaan seuraavasti.[2]

EC6.1.x.x – Entsyymit nopeuttavat hiili-happisidoksen muodostumista
EC6.2.x.x – Entsyymit nopeuttavat hiili-rikkisidoksen muodostumista
EC6.3.x.x – Entsyymit nopeuttavat hiili-typpisidoksen muodostumista
EC6.4.x.x – Entsyymit nopeuttavat hiili-hiilisidoksen muodostumista
EC6.5.x.x – Entsyymit nopeuttavat fosfaattiesterisidoksen muodostumista
EC6.6.x.x – Entsyymit nopeuttavat metalli-typpisidoksen muodostumista

DNA-liittäjäentsyymi

DNA-juosteita yhteen muodostamalla kovalenttisia sidoksia juosteiden päiden välille. Toisessa yhteenliitettävässä päässä on oltava 5'-fosfaattiryhmä ja toisessa 3'-OH-ryhmä. Liittäjäentsyymit ovat tärkeitä geenitekniikan työvälineitä ja yleisimmin käytettävä T4-liittäjäentsyymi on peräisin kolibakteerista.

DNA-liittäjäentsyymin toiminta

Kuvassa kaksi DNA-juostetta ennen liittäjäentsyymin aiheuttamaa juosteiden yhteenliittymistä. Vapaat OH-ryhmät sijaitsevat punaisella merkityn juosteen ylemmän rihman oikeanpuolimmaisessa tymiinissä (T) ja sinisellä merkityn juosteen alemman rihman vasemmanpuolimmaisessa sytosiinissa (C). Vastaavasti vapaat fosfaattiryhmät sijaitsevat punaisella merkityn juosteen alemman rihman oikeanpuolimmaisessa guaniinissa (G) ja sinisellä merkityn juosteen ylemmän rihman vasemmanpuolimmaisessa guaniinissa.

Liittäjäentsyymi yhdistää juosteet niin että sen tekemän liitoksen muodostavat toisen juosteen fosfaattiryhmä ja toisen juosteen OH-ryhmä. Lopputuloksena on ehjä kaksijuosteinen DNA-molekyyli.

Katso myös

Katkaisuentsyymit

Lähteet

Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko & Lubert Stryer: Biochemistry, 6th Edition, s. 237. W. H. Freeman and Company, 2006. ISBN 978-0-7167-8724-2. (englanniksi)
G.P.Moss: Recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB). Viitattu 12.7.2011. (englanniksi)

Aiheesta muualla

Kuvia tai muita tiedostoja aiheesta Ligaasit Wikimedia Commonsissa

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[Biochemistry-1] Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko & Lubert Stryer: Biochemistry, 6th Edition, s. 237. W. H. Freeman and Company, 2006. ISBN 978-0-7167-8724-2. (englanniksi)

[2] G.P.Moss: Recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB). Viitattu 12.7.2011. (englanniksi)