Klaus Fleming

Klaus Fleming syntyi luultavasti vuonna 1535 Kuitian kartanossa Paraisilla Fleming-sukuun, joka kuului Suomen varakkaimpiin ja vaikutusvaltaisimpiin aatelissukuihin. Hänen isänsä Erik Fleming oli valtaneuvos, amiraali, Etelä-Suomen laamanni ja yksi kuningas Kustaa Vaasan tärkeimpiä liittolaisia Suomessa. Äiti Hebbla Siggentytär Sparre oli merkittävästä ruotsalaisesta aatelissuvusta. Isä kuoli jo vuonna 1548. Klaus Fleming ei saanut korkeampaa sivistystä, vaan suuntautui intohimoisesti sotilasuralle. Kustaa Vaasa vaikuttui hänen hiihtotaidostaan ja määräsi helmikuussa 1556 vain noin 20-vuotiaan Flemingin johtamaan 300 savolaisesta talonpojasta muodostettua hiihtopartiota suuressa Venäjän sodassa.[1]

Fleming oli jo elinaikanaan lukuisten tarinoiden aiheena ollut myyttinen hahmo, jonka persoona on kiehtonut myös nykyajan historioitsijoita. Hänen on sanottu pärjänneen valtataistelussa olemalla peräänantamaton, häikäilemätön, itsepäinen, leppymätön ja vainoharhainen.[2] Fleming oli tunnettu karuista tavoistaan, törkeistä puheistaan ja rahvaanomaisesta käytöksestään, johon liittyi suoranainen ylhäisön tapakulttuurin halveksunta. Näistä johtuen hän sai aikanaan paljon erilaisia pilkkanimiä kansan suussa ja säätyveljiensä keskuudessa. Sotilaittensa parissa hän oli kuitenkin hyvin suosittu ja kantoi poikkeuksellisesti huolta heidän hyvinvoinnistaan. Fleming oli sotaisuutensa vuoksi huonoissa väleissä useimpien Suomen ylhäisaateliin kuuluvien sukujen kanssa ja joutui uransa loppuaikoina turvautumaan pitkälti uuden nousukasaatelin ja knaappien tukeen. Hän rikkoi välinsä varsinkin Hornien mahtisukuun, eikä ollut hyvissä väleissä myöskään oman sukunsa toisen päähaaran eli niin sanottujen Louhisaaren Flemingien kanssa. Flemingin mainitaan usein kärsineen jostain sairaudesta, jota ei kuitenkaan tunneta.[1] Myös Flemingin julmuudesta on säilynyt monia kertomuksia. Ajauduttuaan valtataisteluun Kaarle-herttuan kanssa hänen on kerrottu muun muassa leikkauttaneen kielen poikki eräältä nuorukaiselta, joka oli uhannut kannella hänen toiminnastaan herttualle.[3][4]

Fleming osallistui säätyvaltiopäiville Tukholmassa 1560 ja Arbogassa 1561.[5] Hänet lyötiin ritariksi Eerik XIV:n kruunajaisten yhteydessä 29. kesäkuuta[6] 1561 ja samana syksynä hänet nimitettiin Viroon Padisen luostarin voudiksi, minkä myötä hän osallistui käynnissä olleesseen Liivinmaan sotaan. Yhtenä sotaväen päälliköistä Fleming valvoi joukkojen kuljetusta Suomesta Tallinnaan ja oli keväällä 1562 hetken aikaa vasta vallatun Pärnun käskynhaltijana ja vuonna 1563 Paidelinnan päällikkönä. Hän sai maaliskuussa[6] 1562 nimityksen Etelä-Suomen laamanniksi ja osallistui seuraavana vuonna Turun linnan piiritykseen kuningas Eerik XIV:n ja tämän veljen Juhana Herttuan välienselvittelyssä. Juhanan antauduttua Fleming saattoi vangitun Juhanan kuninkaan henkilökohtaisena luottomiehenä Turusta Gripsholmin linnaan.[1]

Vuonna 1563 syttyi seitsenvuotinen sota Tanskaa ja Lyypekkiä vastaan.[1] Kuningas määräsi Flemingin aluksi järjestelemään aseiden kuljetusta Tanskan vastaiselle rajalle, sitten tykistön ylipäälliköksi Bohuslänin sotaretkelle ja toukokuussa 1564 aliamiraalina Elefanten-laivan päälliköksi amiraali Jacob Baggen komentamaan laivastoon. Viimeisin aselaji oli Flemingille vieras, ja epäonnistumisia seurasi. Öölannin pohjoiskärjen luona 30.–31. toukokuuta käydyn tappiollisen meritaistelun jälkeen ja Baggen jäätyä vangiksi Fleming määräsi laivaston rippeet vetäytymään suojaan Tukholman saaristoon. Pian hän sai itse amiraalin arvon, mutta menestys oli edelleen kehnoa ja miehistö kärsi sairauksista. Operaatioista onnistui lähinnä lyypekkiläisten kauppalaivojen kaappaus.[1][6]

Tyytymätön kuningas korvasi Flemingin syyskuussa 1564 tämän serkulla Klaus Kristerinpoika Hornilla.[6] Hornin saavutettua uutena yliamiraalina vain kahdessa viikossa Pohjois-Itämeren meriherruuden joutuivat Fleming ja muut kykenemättömyydestä syytetyt meripäälliköt joulukuussa 1565 kuninkaan lautakunnan eteen. Syyttäjänä toimi pahamaineinen Yrjänä Pietarinpoika. Lautakunnan mielestä Fleming olisi ansainnut kuolemantuomion, mutta palauttamalla Narvasta tulleista kauppalaivoista takavarikoimansa turkislastit ja maksamalla huomattavat lunnaat hän sai heinäkuussa 1566 kuninkaan armahtamaan itsensä. Flemingin ja Eerik XIV:n luottamus oli kuitenkin mennyttä.[1]

Fleming jäi pois toukokuun 1567 Uppsalan valtiopäiviltä, joilla kuningas tuomitsi useita merkittäviä henkilöitä ja suoritti niin sanotut Sture-murhat.[1] Myöhemmin Erik XIV:n väitettiin suunnitelleen tässä yhteydessä myös Flemingistä eroon hankkiutumista.[6] Juhanan ja Kaarle-herttuan ryhdyttyä 1568 avoimeen kapinaan Fleming pysyi aluksi uskollisena kuninkaalle ja siirtyi vasta yhtenä viimeisistä ylhäisaateliin kuuluneista herttuoiden puolelle.[1] Eerik oli lähettänyt hänet syyskuussa pienen laivaston johdossa Mälarenille kapinallisia herttuoita vastaan, mutta hän liittyikin näihin.[6] Tarjoamalla sotalaivansa kapinallisten käyttöön Fleming vaikutti merkittävästi kuninkaan kukistumiseen ja varmisti näin itselleen uuden hallitsijan suosion. Vallan vaihduttua hänen ensimmäinen tehtävänsä oli ottaa Tukholmassa olleilta sotajoukoilta uskollisuudenvala Juhanalle.[1]

Kuninkaaksi noussut Juhana III palkitsi Flemingin kruunajaisjuhlassaan heinäkuussa 1569 antamalla hänelle valtaneuvoksen arvon ja korottamalla hänet vapaaherraksi sekä antamalla hänelle Viikin vapaaherrakunnan. Vapaaherrakuntaan kuului neljännes Siuntiosta ja Jokioisista, mihin vielä myöhemmin lisättiin lisä-alueita Siuntiosta ja Pikkalan kartano. Myös Suitian kartano kuului nyt hänen omistuksiinsa. Luultavasti vuonna 1571 Flemingistä tuli valtakunnan yliamiraali. Hän sai aluksi tehtäväkseen toimia entisen kuningas Eerikin vanginvartijana Turun, Kastelholman ja Gripsholmin linnoissa, ja sai jopa valtuudet surmata vankinsa hätätilanteessa. Fleming pääsi vuonna 1572 eroon tästä epämiellyttävänä pitämästään tehtävästä,[1] joskin valvoi vielä seuraavana kesänä Eerikin siirtoa Västeråsiin[6]. Tanskaa vastaan käydyn sodan loppuvaiheessa hän johti 1570 Taalainmaalta Norjan Trøndelagiin tehtyä hävitysretkeä sekä eräitä kohtalaisen menestyksekkäitä laivasto-operaatioita Bornholmin lähellä.[1]

Vuonna 1573 Fleming meni naimisiin kuningas Kustaa Vaasan lesken Katariina Stenbockin siskon Ebba Stenbockin kanssa, mikä liitti hänet lähemmin kuningasperheeseen.[1] Häät pidettiin 1. marraskuuta leskikuningattaren johdolla.[7] Pitkänä vihana tunnetun uuden sodan sytyttyä Venäjää vastaan valtakunnan itärajalla Fleming nimitettiin lokakuussa 1574 Viipurin linnan päälliköksi.[1] Hän tosin vietti Viipurissa pääosin vain lyhyitä ajanjaksoja. Heinäkuussa 1575 Fleming, hänen sukulaisensa, sodan ylipäällikkö Herman Fleming ja Klaus Åkenpoika Tott olivat Ruotsin edustajina Siestarjoen rauhanneuvotteluissa, joissa solmittiin venäläisten kanssa kaksi vuotta kestänyt aselepo.[6]

Vaikka Fleming pyrki aina säilyttämään uskollisuutensa kuningasta kohtaan, hän ei siekaillut kavaltaa itselleen kruunulle kuuluvia tuloja jopa sen ajan tapojen näkökulmasta poikkeuksellisen julkeasti. Vuonna 1576 kuningas Juhana asetti Henrik Klaunpoika Hornin johtaman[6] tutkijakunnan selvittämään Suomessa tapahtuneita veronkavalluksia. Tällöin paljastui, että Fleming oli perinyt itselleen 5 000 taalarin verran luvattomia maksuja, mikä oli kaikkein suurin yksittäinen kavallus. Häneltä otettiin tämän vuoksi pois pääosan väärinkäytöksistä mahdollistanut Etelä-Suomen laamannin virka, joka annettiin Herman Flemingille. Seuraavan kolmentoista vuoden aikana Klaus Fleming joutui tyytymään vaatimattomampiin toimiin, oli sivussa vallan ja suosion keskuksista ja jäi monien muiden aatelismiesten varjoon. Pääasiassa hän hoiti laivaston varustamiseen liittyviä toimia ja asui pitkään Tukholmassa.[1] Tavoitellessaan pääsyä takaisin kuninkaan suosioon Fleming päätyi vuosikymmenen kuluessa yhä useammin kiistoihin valtaneuvostossa ja etääntyi muista valtaneuvoksista.[6]

Kun kuningas Juhanan poika ja kruununperijä Sigismund valittiin elokuussa 1587 Puolan kuninkaaksi, Ruotsin ylhäisaateli tuki hanketta, sillä se odotti valtansa lisääntyvän kun tuleva kuningas oleskelisi paljon Puolassa. Fleming sen sijaan ainoana valtaneuvoksista vastusti Sigismundin lähettämistä Puolaan. Hän joutui kuitenkin yliamiraalina saattamaan tämän uuteen valtakuntaansa.[1] Valtaneuvoston johdolla laadittiin tulevan unionivaltion hallintoa määritelleet niin sanotut Kalmarin statuutit, jotka olisivat taanneet ylhäisaatelin vallan.[8] Flemingillä ei tiettävästi ollut mitään osuutta niiden laatimisessa[6]. Kuningas Juhana alkoikin katua Sigismundin järjestämistä Puolan kuninkaaksi ja tavatessaan poikansa Tallinnassa 1589 käydyissä neuvotteluissa yritti saada hankkeen perutuksi. Valtaneuvosto ja kuninkaan seurueen aateliset vastustivat tätä jyrkästi, sillä se olisi aiheuttanut välirikon Puolan kanssa – poikkeuksena Fleming, joka ainoana tuki kuninkaan suunnitelmaa. Juhana joutui perääntymään ajatuksestaan, mutta muuhun aatelistoon pettyneenä hän kohotti Flemingin takaisin suosioonsa. Tämä oli mahdollisesti ollutkin Flemingin ainoa tavoite hänen asettuessaan muita valtaneuvoksia vastaan.[1][8]

Fleming sai suosionosoituksena ensin vuonna 1590 valtakunnanmarskin arvon, hyvätuloisen Pohjanmaan tuomarinviran sekä Uplannin ja Norlannin laamannin viran, joka oli paljon merkittävämpi kuin hänen aiempi asemansa Etelä-Suomen laamannina. Seuraavana vuonna hän sai Suomen ja Viron käskynhaltijuuden sekä ylipäällikkyyden edelleen jatkuvassa sodassa Venäjää vastaan. Kahta ylintä sotilasvirkaa – amiraali ja marski – ei kertaakaan aiemmin ollut annettu yhtä aikaa samalle henkilölle. Ruotsalaisten säätyveljiensä tavoin kuningasta vastaan ”kapinoinut” Suomen aateli pakotettiin virkojen menetyksen uhalla paitsi esittämään anteeksipyyntöjä Juhanalle, myös alistumaan Flemingin käskyvaltaan. Fleming sai myös toimia syyttäjänä ja oikeuden puheenjohtajana 1590–1591 käydyssä oikeudenkäynnissä Kaarle Henrikinpoika Hornia ja tämän veljiä vastaan, joita syytettiin liian varovaisesta sodankäynnistä Inkerinmaalla. Flemingistä tuli yksi valtakunnan mahtimiehiä ja hänen tulonsa kasvoivat useiden virkojen ja läänitysten ansiosta poikkeuksellisen suuriksi. Pelkästään ylipäällikkyydestä hän sai palkkaa 500 taalaria kuukaudessa, minkä lisäksi hän keräsi tuloja viidestä kartanostaan ja 512 talonpoikaistilalta Suomessa sekä vielä lisää Ruotsista ja Virosta. Heikki Ylikankaan mukaan Fleming oli 1590-luvulla suhteellisesti katsottuna Suomen historian rikkaimpia ihmisiä.[1]

Juhana III:n kuoltua marraskuussa 1592 syntyi nopeasti valtakamppailu Puolassa asuvan kruununperijä Sigismundin ja Ruotsissa valtaansa kasvattaneen Juhanan nuoremman veljen eli Kaarle-herttuan välille. Muusta valtaneuvostosta poiketen Fleming asettui Sigismundin puolelle, ja vaati tammikuussa 1593 avoimella kirjeellä myös laamannikuntansa asukkailta uskollisuutta tälle.[1] Luottamuksensa Flemingiin menettänyt Kaarle-herttua antoi Suomen ja Viron siviili- ja sotilasviranomaisille määräyksen olla noudattamatta tämän käskyjä. Suomessa sillä ei ollut vaikutusta, sillä määräyksen saapuessa Sigismund oli jo ehtinyt toukokuussa 1593 vahvistaa Flemingin aseman ja sotajoukot pysyivät hänelle uskollisina. Sen sijaan Kaarlen määräystä noudatettiin Virossa, jossa Flemingiä oli karsastettu jo hyvän aikaa.[6]

Fleming toi Sigismundin kesällä 1593 laivastollaan Danzigista Ruotsiin.[1] Puolalaisen Sigismundin roomalaiskatolisuudesta huolestuneena Uppsalassa kokoontunut sääty- ja kirkolliskokous oli saman vuoden maaliskuussa hyväksynyt päätöksen, jolla pyrittiin varmistamaan luterilaisuuden säilyminen Ruotsin uskontona.[8] Päätöksen tunnustaminen asetettiin ehdoksi sille, että säädyt hyväksyisivät Sigismundin kuninkaaksi. Fleming rikkoi säätyjen yhteisen rintaman ja ilmoitti Sigismundille Uppsalan päätöksen olevan laiton, ”mokoma vasikannahka”. Sigismund suostui kuitenkin antamaan vakuutuksen Ruotsin uskonnon säilyttämisestä ennallaan, ja Flemingkin peräytyi tällöin kannastaan. Fleming sai kantaa valtakunnan miekkaa uuden hallitsijan kruunajaisissa syksyllä 1594. Sigismund vahvisti muodollisesti Flemingillä jo käytännössä olleen aseman Suomen käskynhaltijana, minkä jälkeen Fleming saattoi hänet takaisin Puolaan ja palasi sitten itse Suomeen.[1][8]

On joskus väitetty, että Fleming olisi ollut Sigismundin tavoin katolinen, mutta tästä ei ole mitään todisteita. Edes Flemingin vastustajat eivät syyttäneet häntä salakatoliseksi. Fleming ei liene ollut kiinnostunut uskonasioista, mutta Sigismundin toiveesta hän puolusti tämän kirkkopolitiikkaa ja otti suojiinsa Ruotsista paenneita katolisia. Kun Turun tuomiokapituli ja uusi tuomiorovasti Petrus Melartopaeus vuonna 1595 päättivät viimein ryhtyä Uppsalan kirkolliskokouksen päätösten mukaisesti lakkauttamaan Suomessa katolisuuteen liittyneitä seremonioita, Fleming laati kirjallisen vastineen, jossa hän vaati seremonioiden säilyttämistä, ja usutti turkulaista markkinaväkeä riitelemään pappien kanssa.[9]

Venäjän sodan ylipäällikkönä Fleming oli 1591 määrännyt suoritettavaksi suurhyökkäyksen, joka muuttui aina Novgorodin lähiseudulle saakka ulottuneeksi hävitysretkeksi. Seuraavana vuonna suunniteltu uusi hyökkäys kuitenkin kuihtui ja tammikuussa 1593 sovittiin venäläisten kanssa välirauha, minkä johdosta Fleming sijoitti joukkonsa raskaaseen linnaleiriin Suomen ja Viron talonpoikien elätettäviksi. Sota päättyi toukokuussa 1595 solmittuun Ruotsille edulliseen Täyssinän rauhansopimukseen, mutta sodassa vallattu Käkisalmen linna päätettiin vielä pitää panttina lopullista rajankäyntiä odoteltaessa. Tähän ja itärajan epävarmaan tilanteeseen vedoten Fleming piti joukkonsa edelleen linnaleirissä, mitä talonpoikien oli vaikea ymmärtää. Todellinen syy joukkojen pitämiseen valmiustilassa oli Flemingin oman aseman varmistaminen ja niiden käyttökelpoisuus sisäpolitiikassa.[1]

Kaarle-herttua ja valtaneuvosto vaativat välirauhasta alkaen toistuvasti Flemingiä hajottamaan Suomeen sijoitetun armeijan ja lähettämään joukot kotiin, mutta Fleming ilmoitti tottelevansa vain kuningas Sigismundia. Kaarle julisti myös Suomen eri alueita vapautetuksi linnaleiristä, mitä Fleming ei myöskään totellut. Tämän seurauksena Flemingin hallitsema Suomi alkoi talvesta 1593 alkaen irtautua Ruotsin kontrollista.[10] Sigismundin ja Kaarlen ajauduttua täydelliseen välirikkoon Fleming alkoi hallita Suomea häikäilemättömällä terrorilla ja pystytti tiukan valvontakoneiston. Hän määräsi ensin valvomaan kaikkea liikennettä Suomesta Ruotsiin ja Viroon, ja lopulta jopa kielsi matkustamisen ja kaupankäynnin Ruotsiin, jotta Kaarlen suomalaiset tukijat eivät voisi pitää tähän yhteyttä. Kaarlen luona Ruotsissa valittamassa käyneitä talonpoikia murhattiin ja säätyläisiä vangittiin laittomasti ja pahoinpideltiin.[11][12]

Kaarle-herttua järjesti valtaneuvoston tukemana lokakuussa 1595 Söderköpingissä valtiopäivät, jotka päättivät, että kuninkaan määräykset tulisivat voimaan vasta valtaneuvoston hyväksyminä. Flemingin vastustuksesta johtuen näille valtiopäiville ei juuri osallistunut suomalaisia, joten Suomeen lähetettiin Kaarle Henrikinpoika Hornin johtama valtuuskunta hankkimaan myös suomalaisilta vahvistus Söderköpingin päätöksille. Fleming kutsui Suomen aatelismiehet koolle Turkuun tammikuussa 1596 ja ilmoitti vastustavansa päätösten hyväksymistä. Osa Suomen aatelista oli varovaisemmalla kannalla ja haki kompromissia, mutta kuninkaan ehdottoman kielteinen kanta Söderköpingin päätöksiin pakotti heidätkin valitsemaan Sigismundin puolen.[1][13] Kaksi viikkoa kestäneen kokouksen aikana Fleming ilmeisesti myös painosti ja pelotteli Suomen aatelisia asettumaan taakseen.[14][15]

Flemingin käytännössä sotilasdiktaattorina johtama Suomi oli irtisanoutumassa Ruotsissa tehdyistä päätöksistä Sigismundin ja Kaarle-herttuan välisen sisällissodan lähetessä, mikä merkitsi sodan uhkaa myös Kaarlen ja Flemingin välillä.[1][13] Kaarle-herttuan myöhemmät yritykset saada tukea Suomessa olleilta sotajoukoilta Flemingiä vastaan eivät saaneet mitään vastakaikua.[6] Kaarle-herttuan vuonna 1597 järjestämät Arbogan valtiopäivät julistivat lopulta Kaarlen Ruotsin valtionhoitajaksi ja hänen vastustajansa kapinallisiksi. Jälkimmäinen julistus oli tähdätty Flemingiä vastaan.[13] Flemingin lähipiiri ja puoliso olivat jo huolissaan, sillä Kaarlen joukot olivat selvästi vahvemmat.[1]

Pääartikkeli: Nuijasota

Ennen kuin avoin sota ehti syttyä Flemingin ja Kaarlen välille, joutui Fleming kukistamaan Pohjanmaalla, Keski-Suomessa ja Savossa nousseen talonpoikien kapinan, joka tunnetaan nuijasotana. Vuosia jatkuneen linnaleirirasituksen katkeroittamat talonpojat näkivät Flemingin olevan syypää kärsimyksiinsä.[1][16] Pohjalaisten talonpoikien lähetystö oli käynyt Söderköpingin valtiopäivillä tapaamassa Kaarle-herttuaa, joka oli antanut ymmärtää syrjäyttävänsä Flemingin ja lopettavansa linnaleirin. Talonpojat, joiden johtoon asettui ilmajokelainen ratsutilallinen Jaakko Ilkka, karkottivat kruunun huovit tammikuussa 1596 Mustasaaresta, mutta hajaantuivat nopeasti Flemingin lähettämän sotaväenosaston lähestyessä. Ilkka vietiin vankina Turun linnaan. Tämän jälkeen Kaarle yllytti talonpoikia jatkamaan kapinointia tavoitteenaan aiheuttaa harmeja Flemingille ennen lopullista yhteenottoa. Kaarlen propagandalle altteimmat Pohjanmaan talonpojat uskoivat saavansa häneltä sotilaallista tukea ja aloittivat marraskuussa entistä mittavamman kansannousun, jonka johtoon Turun linnasta paennut Jaakko Ilkka asettui.[16]

Fleming pystyi vastaamaan kapinaan tehokkaasti, sillä sisällissotaa odottaen hän oli pitänyt joukkonsa koossa ja valmiina.[1] Ensin Akseli Kurjen joukot löivät Pentti Poutun johtaman pienemmän nuijamiesjoukon Satakunnassa Ulvilan taistelussa. Ilkan johtaman 2500-miehisen kapinallisten pääjoukon edetessä Pohjanmaalta kohti eteläistä Suomea Fleming lähti heitä vastaan mukanaan 3 000 miestä. Joukot kohtasivat joulukuun lopussa Nokian taistelussa, jossa Fleming ensin peloteltuaan nuijamiehiä tykinlaukauksilla sai näiden joukot hajoamaan lupaamalla rivimiehille vapaan poispääsyn, jos johtajat luovutettaisiin. Lopulta Flemingin huovit surmasivat avuttomasti pakenevia vastapuolen jalkamiehiä. Ilkka ja muut joukkoa johtaneet kapinapäälliköt saatiin myöhemmin kiinni Pohjanmaalla ja teloitettiin. Myös Nyystölän ja Suur-Savon taisteluissa Flemingin alaiset päälliköt saivat viekkaudella nuijamiehet ensin antautumaan ja sitten surmasivat heidät. Pohjanmaalta nousi tämän jälkeen vielä toinen kapina-aalto, mutta lopulta ratkaisevassa Santavuoren taistelussa 24. helmikuuta 1597 Flemingin henkilökohtaisesti johtama 1 500 huovin joukko löi 3 000–4 000 nuijamiehen joukon.[16]

Voittonsa jälkeen Flemingillä ei ollut aikaa eikä rohkeutta laajoihin joukkoteloituksiin, sillä pääkoitos Kaarlea vastaan odotti yhä ja hänen oma asiansa oli parhaillaan esillä Arbogan valtiopäivillä.[16] Fleming kiirehti takaisin Turkuun, mutta varustaessaan laivastoaan Pikkalassa hän yllättäen sairastui pahasti.[1] Luvattuaan tavata vaimonsa Perniön kuninkaankartanossa Fleming lähti sairaana matkaan, mutta joutui heikon kunnon vuoksi pysähtymään Pohjan kirkon tienoilla.[7] Hän kuoli huhtikuun 12. ja 13. päivän välisenä yönä talonpoika Klemetti Eerikinpojan talossa Pohjan Hindrabölessä. Äkillinen kuolema aiheutti monia huhuja ja yliluonnollisia selityksiä. Sigismundin kannattajat väittivät, että Fleming olisi myrkytetty Kaarle-herttuan käskystä tai että Pohjanmaan noidat olisivat noituneet hänet. Kaarle-herttuan mukaan kyseessä oli Jumalan kosto. Nöyryyttäessään voitettuja talonpoikia Santavuoren taistelun jälkeen Kyrön pappilassa Fleming oli syyllistynyt sakramentin pilkkaan, ja Pohjanmaalla alkoi kiertää kansantarina, jonka mukaan tätä seuranneena yönä Fleming olisi nähnyt taivaalla omaan perikatoonsa viittaavan pelottavan yliluonnollisen näyn.[17]

Flemingin ruumis kuljetettiin Turun linnan kappeliin ja edelleen Paraisten kirkolle haudattavaksi sukuhautaan. Flemingin leski Ebba Stenbockin suosituksesta kuningas Sigismund nimitti hänen seuraajakseen Arvid Stålarmin, joka jatkoi edeltäjänsä politiikkaa. Kaarle-herttuan joukot nousivat maihin Suomessa syyskuun alussa ja saivat nopeasti Turun linnan antautumaan. Miehensä muistoa puolustanut ja tämän työtä jatkanut Ebba Stenbock vietiin vangittuna Tukholmaan. Sota Kaarlen ja Sigismundin välillä jatkui vielä yli kaksi vuotta. Turun linnan antauduttua toistamiseen Kaarlelle 1599 hän teloitutti Turun verilöylyssä sen puolustajat, joiden joukossa olivat Flemingin ainoat aikuisiksi eläneet pojat, Johan Fleming sekä aviottomana syntynyt Olof Klaunpoika.[1][18] Siihen katkesi Kuitian Flemingien sukuhaara. Ebba Stenbock vapautettiin myöhemmin ja hän sai 1602 takaisin puolet miehensä perintötiloista ja 1608 loputkin. Kaksi heidän tytärtään avioitui myöhemmin varakkaisiin mahtisukuihin.[7]

Oppineena tunnettu Daniel Hjort asui jonkin aikaa Flemingin luona, luultavasti tämän sihteerinä tai kotiopettajana, mahdollisesti Kuitian kartanossa.[19]