Jack Bristow

Seitsemän vuotta myöhemmin Sydney ja Jack tuskin tapaavat toisiaan. Sydneyn poikaystävä Danny Hecht pyytää Jackilta tämän tyttären kättä, mihin Jack kylmästi suostuu. Sydneyn paljastettua Dannylle työstään SD-6:ssa, Sloane tapattaa Dannyn. Jack päättää kertoa Sydneylle SD-6:n todellisesta luonteesta, ja Sydney järkyttyy kuultuaan totuuden. Sydney liittyy oikeaan CIA:han ja saa tietää myös Jackin olevan CIA:n leivissä. Isä ja tytär työskentelevät yhdessä kaksoisagentteina ja tulevat vähitellen läheisimmiksi. Myöhemmin Jack ja Sydney epäilevät Irinan olevan yhä elossa, ja kauden lopussa kesken tehtävän Sydneyn äiti vangitsee tyttärensä.

Irina päästää Sydneyn pakenemaan ja antautuu myöhemmin CIA:lle. Jack tapaa vaimonsa ensimmäistä kertaa vuosiin ja on yhä katkera tämän petturuudesta. Irina yrittää vakuutella perheelleen ja CIA:lle olevansa heidän puolellaan, mutta Jack ei suostu uskomaan naisen puheita. Myöhemmin Sydney saa tietää kuuluneensa Projekti Jouluun ja suuttuu isälleen, mutta lopulta he sopivat riitansa. CIA saa tuhottua Allianssin, ja Jack alkaa lopulta antamaan periksi vihalleen Irinaa kohtaan, mikä kuitenkin osoittautuu virheeksi, sillä Irina pettää CIA:n ja pakenee Sloanen avustuksella. Kauden lopussa Sydney katoaa ja häntä epäillään kuolleeksi, kunnes hänet löydetään ilman muistia kaksi vuotta myöhemmin Hongkongista.

Kaksi vuotta myöhemmin Jack on vankilassa oltuaan yhteyksissä Irinaan, koska hän uskoi Sydneyn olevan yhä elossa. Sydneyn avulla Jack pääsee vankilasta ja Jack on onnellinen nähdessään tyttärensä elossa. Jack tutkii yhdessä Sydneyn kanssa tämän katoamista ja heistä tulee yhä läheisemmät. Lopulta paljastuu, että terroristiorganisaatio Liitto oli yrittänyt aivopestä Sydneytä, jotta tämä olisi voinut toteuttaa 1400-luvulla eläneen tiedemies-profeetta Milo Rambaldin ennustuksia, mutta Projekti Joulun ansiosta Sydney oli immuuni aivopesulle. Myöhemmin Jack alkaa epäillä Michael Vaughnin vaimon Lauren Reedin olevan Liiton kaksoisagentti ja kertoo epäilyksensä Sydneylle. Yhdessä he yrittävät vakuuttaa Vaughnin Laurenin petturuudesta, mutta tämä ei suostu uskomaan. Myöhemmin hän kuitenkin löytää todisteita ja ampuu vaimonsa. Ennen kuolemaansa Lauren kertoi Sydneylle dokumenteista, jotka sisältävät tietoa tämän elämästä. Sydney etsii nuo dokumentit ja järkyttyy niiden sisällöstä.

Paljastuu, että Jack oli tappanut Irinan, koska tämä oli palkannut miehen tappamaan Sydneyn. Tämä jälleen vahingoittaa heidän välejään, mutta he sopivat lopulta. Jack ja Sydney palkataan CIA:n salaiseen osastoon APO:on, jonka johdossa on edellisellä kaudella antautunut Sloane. Eräällä tehtävällä Jack altistuu radioaktiiviselle säteilylle, mutta salaa tämän muilta. Lopulta hän alkaa kokea pahoja oireita ja hallusinaatioita, mikä paljastuu myöhemmin muille. Jackin kuvitellessa elävänsä 80-luvulla, Sydney päättää esittää äitiään, jotta Jack paljastaisi tärkeän tiedon parannuskeinon löytämiseksi. Sydney saa kuulla, että Jack oli aikonut erota CIA:sta, jotta voisi olla parempi isä Sydneylle. Tämä vakuuttaa Sydneyn Jackin hyvyydestä ja hän antaa anteeksi tämän menneisyyden päätökset. Jack lopulta paranee.

Kauden lopulla Jack saa tietää, että Irina on yhä elossa ja että hän oli tappanut vain hänen geneettisesti luodun kopionsa. Irina löydetään elossa sisarensa Elenan hallusta ja perhe tapaa jälleen. Irina auttaa APO:a ottamaan Elenan kiinni ja Jack päästää hänet pakenemaan sen sijaan että tämä olisi pidätetty.

Jack saa tietää Sydneyn olevan raskaana. Vaughnia epäillään kaksoisagentiksi, mutta todellisuudessa mies oli salaa tutkinut hallitukseen soluttautunutta rikollisjärjestö Prophet 5:ä. Vaughn ammutaan myöhemmin, mutta oikeasti hän lavastaa kuolemansa Jackin ja Sydneyn avustuksella. Myöhemmin Irina palaa kuvioihin ja Sydney synnyttää tytön, Isabellen. Irina kuitenkin paljastuu olevan yhteistyössä Prophet 5:n kanssa ja pettää jälleen perheensä.

Sarjan lopulla Prophet 5:n mukaan lähtenyt Sloane yrittää toteuttaa Rambaldin viimeistä suunnitelmaa, mikä lähettää APO:n hänen peräänsä. Sloane ampuu Jackia ja kostoksi Sydney ampuu Sloanen. Vakavasti haavoittunut Jack käskee Sydneyn lähteä Irinan perään ja jättää jäähyväiset tyttärelleen. Viimeisillä voimillaan hän menee Sloanen luo, joka on herännyt henkiin Rambaldin loppupelin ansiosta. Jack uhraa itsensä räjäyttämällä maanalaisen luolan, jossa he ovat, jättäen Sloanen sinne loukkuun. Sarja päättyy, kun näytetään muutamia vuosia tulevaisuuteen, jossa Sydneyllä ja Vaughnilla on toinen lapsi, Jack.