G.I. Joe: The Rise of Cobra

James McCullen on luonut nanoteknologiaan perustuvan aseen, jolla voi tuhota kokonaisen kaupungin. Hänen yhtiönsä M. A. R. S. myy neljä nanoteknologialla varustettua ydinkärkeä Natolle, jonka omat joukot vievät sen päämajaansa. Duke ja Ripcord ovat saaneet tehtäväkseen viedä salkun perille saattueen kera. Heidän matkansa kuitenkin katkeaa, kun Baroness joukkoineen hyökkää heidän kimppuunsa yrittäen varastaa salkun. Duke tunnistaa Baronessin olevan hänen entinen morsiamensa Ana Lewis. Duke ja Ripcord saavat yllättäen apua Scarlettilta, Snake Eyesilta, Breakerilta ja Heavy Dutylta, minkä myötä Baroness ei onnistu saamaan salkkua. Duke ei aluksi suostu antamaan salkkua Scarlettille ja kumppaneille, joista hän ei tiedä mitään. Breaker näyttää hologrammiviestimellä kenraali Hawkin, joka käskee antamaan salkun heille ja ottamaan kaksi eloon jäänyttä sotilasta heidän päämajaansa. G. I. Joe erikoisryhmäksi paljastunut joukko kertoo hieman taustaa joukostaan ja yrittää saada selville Baronessin henkilöllisyyden. Duke haluaa yhdessä Ripcordin kanssa osalliseksi Kenraali Hawkin ryhmää, mutta tämä aluksi kieltäytyy. Duke saa kuitenkin vakuutettua Hawkin kertomalla tuntevansa Baronessin.

McCullenin paljastetaan käyttävän samaista nanoteknologiaa luodakseen armeijan tohtorinsa avulla, jolla hän toisi uuden järjestyksen maailmaan, kun hän aiheuttaisi aluksi kaaosta luomillaan nanohiukkasydinkärjillä. Jäljittimen avulla McCullen löytää G. I. Joen tukikohdan ja lähettää Storm Shadown, Baronessin ja Zartanin hakemaan ydinkärkiä sisältävän salkun. Tehtävän onnistuttua Baroness vie ydinkärjet paroni DeCobraylle, jota hän pakottaa yhdessä Storm Shadown kanssa laittamaan ne käyttövalmiiksi. Kaksikko suuntaa kohti Pariisia ja saa peräänsä G. I. Joen erikoisjoukon. Storm Shadow onnistuu lopulta laukaisemaan yhden ohjuksista kohti Eiffel tornia. Nanohiukkaset tuhoavat tornin ja osan lähiympäristöstä. Duke ehtii juuri ja juuri hyppäämään helikopteriin, jolla Baroness ja Storm Shadow ovat pakenemassa sekä painamaan nanohiukkasten katkaisinta. Samalla hän joutuu kuitenkin vihollisten vangiksi, jotka vievät Duken McCullenin tukikohtaan pohjoisnavalle.

G. I. Joe joukot saavat selville salaisen tukikohdan sijainnin ja lentävät paikalle huomatakseen, että McCullen on laukaissut nanohiukkasydinkärjet kohti kolmea eri maata. Snake Eyesin onnistuttua tuhoamaan yhden ydinkärjistä, Ripcord yrittää tuhota kaksi muuta varastamalla M.A.R.S. yhtiön prototyypin taisteluhävittäjän Night Ravenin. Sillä välin Snake Eyes, Breaker ja Scarlett tunkeutuvat tukikohdan sisälle. Snake Eyes kohtaa Storm Shadown kaksintaistossa, sillä välin kun Duke saa tietää tohtorin olevan hänen entisen morsiamensa veli Rex Lewis, jonka oletettiin kuolleen pommi-iskussa. Rex kertoo selvinneensä iskusta ja saaneensa arvokasta tietoa nanohiukkasista rakennuksessa olleelta tohtori Mindbenderiltä, joka myös selvisi iskusta. Samalla hän kertoo käyttäneensä siskoaan ensimmäisenä kokeena nanohiukkasille. Samassa Baroness ilmaantuu paikalle pelastaakseen Duken. McCullen ilmaantuu paikalle ja yrittää tappaa Duken polttamalla, mutta sen sijaan hänen naamansa palaa. Tohtori nappaa haavoittuneen McCullenin ja karkaa kohti pakoalustaan. Myös Duke ja Baroness joutuvat pakenemaan, kun tukikohdan itsetuholaskenta käynnistyy.

Tohtori parantaa McCullenin palaneen pään erikoisnanohiukkasilla, jotka muuttavat hänen kasvot hopeiseksi. Tohtori nimeää McCullenin Destroksi ja kutsuu samalla itseään Commanderiksi sekä kertoo Cobran organisaation nousevan piilostaan. Hän joutuu kuitenkin pian Destron kanssa G.I. Joen vangiksi, mutta lupaa että kaikki on vasta aluillaan. Baroness puolestaan viedään erikoishoitoon, jossa hänet pidetään siihen asti kunnes kaikki nanohiukkaset on saatu pois hänen kehostaan. Sillä välin Zartan on ottanut presidentin paikan nanohiukkasten avulla, joiden avulla tohtori muunsi hänen kasvonsa.