Duke Nukem: Manhattan Project

Manhattan Project kertoo hyper-maskuliinisesta toimintasankarista, Duke Nukemista. Tällä kertaa hän pyrkii nujertamaan Mech Morphix -nimisen hullun tiedemiehen, joka käyttää radioaktiivista liejua, GLOPP:ia (Gluon Liquid Omega-Phased Plasma) luodakseen mutaatioita tappaviksi hirviöiksi ja kaapatakseen Manhattanin, yhden New Yorkin kaupunginosista. Dukella on jälleen edessä yhden miehen maailmanpelastusoperaatio.

Peli tapahtuu kahdeksassa eri maassa, joissa jokaisessa on kolme osaa ja viimeisessä maassa Duke matkaa avaruuteen tappamaan Mech Morphixin. Mukana on perinteiset "loppuvastukset".

Pelissä on seitsemän erilaista asetta; pistooli, putkipommi (pipebomb), haulikko, konekivääri, Anti-GLOPPer, PRPG eli Rocket Launcher ja Pulse Cannon. Ammustyyppejä on kolme; Ammo (pistooliin, haulikkoon ja konekivääriin), GLOPP (Anti-GLOPPeriin ja Pulse Cannoniin), sekä putkipommit, joita käytetään myös Rocket Launcherissa. Lisäksi vihollisia voi potkia.

Pelissä lähes jokainen vihollinen (lukuun ottamatta lentäviä kamerapommeja ja robotteja) on eläin, joka on GLOPPin avulla muutettu mutantiksi. Anti-GLOPPer-ase ei tapa vihollisia, vaan muuttaa ne takaisin eläimiksi. Jos eläin astuu GLOPPiin, se muuttuu takaisin mutantiksi.