Banjo-Tooie

Kaksi vuotta myöhemmin Gruntildan voittamisen jälkeen, yhtenä myrskyisenä yönä Gruntildan kaksi nuorempaa sisarusta tulevat häntä auttamaan. Niin skeletti-Gruntilda pääsee haudasta ulos ja suunnittelee kostoa. Banjo, Kazooie, Bottles ja Mumbo pelaavat pokeria Banjon kotitalossa. Mumbo aavisti Gruntildan paluun. Hän lähti Banjon ja Kazooien kanssa ulos. Bottles uskoi, että Gruntildan paluu on vitsi ja sen takia hän jää taloon. Gruntilda romauttaa talon. Banjon myyräystävä Bottles (keneltä edellisessä pelissä opittiin liikkeitä) kuolee, koska hän oli jäänyt sisälle. Banjo ja Kazooie päätävät mennä kostoretkelle Bottlesin puolesta pysäyttääkseen Gruntilda. Myöhemmin Gruntilda muuttaa eläväksi kuolleeksi zombiksi Jinjojen kuninkaan eli Jinjo-kylän kylänvanhimman King Jingalingin. Niin Banjo ja Kazooie lähtevät kukistamaan Gruntildaa uudelleen. Kun Gruntilda siskoineen on voitettu, Banjo pelastaa Jinjo-kylän ahdinkosta ja herättää Bottlesin kuolleesta sekä Gruntildan uskollinen kätyri Klongo kääntyy hyvikseksi.

• Spiral Mountain - aloitusmaailma - Banjon kotimaailma joka oli myös edellisessä pelissä ja jossa on myös Banjon kotitalo sekä Gruntildan luola.
• Isle o' Hags - päätoimimaailma - Maailma. josta lähetään erilaisiin maailmoihin ja jossa on myös Jinjo-kylä sekä Jiggywiggyn temppeli.
• 1. Mayahem Temple - perusmaailma - Maailma, joka symbolisoi mayojen pyramideja sekä temppeleitä, vihreätä peruskenttää ja viidakkometsää.
• 2. Glitter Gulch Mine - perusmaailma - Maailma, joka symbolisoi malmikaivosta.
• 3. Witchyworld - perusmaailma - Maailma, joka symbolisoi noitien huvipuistoa, elämyspuistoa tai sirkuspuistoa.
• 4. Jolly Roger's Lagoon - perusmaailma - Maailma, joka symbolisoi merirosvoja, vedenalaista merimaailmaa, upponutta laivaa ja Atlantista.
• 5. Terrydactyland - perusmaailma - Maailma, joka symbolisoi esihistoriallisuutta, dinosauruksien maailmaa ja esihistoriallisten ihmisten luolia.
• 6. Grunty Industries - perusmaailma - Maailma, joka symbolisoi saasteellista tehdasta.
• 7. Hailfire Peaks - perusmaailma - Maailma, joka on jaettu kahdessa osassa puoliksi ja symbolisoi tulivuorta ja laavamaailmaa sekä jäätikköä ja lumimaailmaa.
• 8. Cloud Cuckooland - perusmaailma - Maailma, joka symbolisoi vuoristoa, pilviä, korkeuksia ja taivasta.
• Cauldron Keep - loppupomovastusmaailma - Torni eli Gruntildan uusi tukikohta, jossa täytyy voittaa Gruntilda siskoineen.

• Klongo - Gruntildam uskollinen kätyri, välivastus Spiral Mountain, Isle o' Hags ja Cauldren Keep -kentissä, jota pitää iskeä tarpeeksi vahvasti kolme kertaa tai ampua munia häntä kohti, hänellä on erilaisia kykyjä eri vaiheissa mm. jättimäiseksi ja näkymättömäksi muuttuminen sekä monistuminen.
• Targitzan - temppelijumala-toteemipatsas, Mayahem Temple -kentän pomovastus, hänen pyöriiviin toteemireikiä kohti pitää ampua munia, kunnes toteemitasanteet hajoavat, hän ampuu itse ammuksia.
• Old King Coal - häkähirviö, Glitter Gulch Mine -kentän pomovastus, häntä kohti pitää ampua munia, kunnes hänen kädet, pää ja ylävartalo irtoavat, lopuksi pitää ampua munia hänen käveleviä jalkoja kohti, hän pystyy muuttamaan taistelualueen häkäiseksi ja maanpinnan laavaksi.
• Mr. Patch - ilmatäytteinen dinosaurus, Witchyworld -kentän pomovastus, hänen paikkatarroja kohti pitää ampua vain räjähtäviä munia samalla ilmassa lentäen, kunnes paikkatarrat irtoavat ja hän kutistuu, hän yskii rantapalloja.
• Lord Woo Fak Fak - sähkökala, Jolly Roger's Lagoon -kentän pomovastus, hänen valaisimia ja silmiä kohti pitää ampua räjähteitä tai räjähtäviä munia, häntä vastaan taistellaan veden alla karhun ja linnun tai sukellusvenen muodossa, hän ampuu sähköä.
• Terry - lentävä emodinosaurus, Terrydactyland -kentän pomovastus, häntä kohti pitää ampua munia, hän ampuu juureksia ja vaaleanpunasia värilätäköitä.
• Weldar - elävä pölyimuri-robotti, Grunty Industries -kentän pomovastus, häntä kohti pitää ampua vain räjähtäviä munia, jotta hän imaisi ne, hän ampuu sinisia hehkuvia ohjuksia ja muttereita, taistelun puolessa välissä hän sähköistää taistelukentän laattojen raot vaikeuttaakseen taistalua.
• Chilli Billi ja Chilly Willy - lohikäärmekaksoisveljekset (tuli- ja jäälohikäärme), Hailfire Peaks -kentän pomovastukset, aseina käytetään vain jäätäviä munia tullohikäärmettä vastaan ja poltaavia munia jäälohikäärmettä vastaan, munat ammutaan tykkeihin ja tykit laukaisevat tuli- ja jääohjukset heitä kohti, he ampuvat tulta ja jäätä sekä näyttävät kieltä, jota pitää väistää, jäälohikäärme on nopeampi, vaikeampi ja kestää enemmän osumaa.
• Mingy Jongo - Mumbo Jumbon ilkeä ja mekaaninen kaksoisveli, joka huijaa olevansa Mumbo Jumbo, Cloud Cuckooland -kentän pomovastus, häntä pitää iskeä tai ampua munia häntä kohti, hän ampuu ohjuksia ja teleportaa.
• HAG 1 ja Gruntilda - Gruntilda ajelee HAG 1 -nimisellä poratankilla, loppuvastus Cauldren Keep -kentässä, heillä on sata osumapistettä, HAG 1 ampuu laasereita ja ohjuksia kunnes Gruntilda esittää kysymyksin, johon täytyy vastata, sitten pitää ampua munia Gruntildaa kohti, myös Gruntilda ampuu ohjuksia, välillä täytyy ampua Kazooien mekaanisia poikasia ja kuljettaa niitä voimalähteen luo HAG 1 -n sisälle, missä he räjähtävät tuhoakseen HAG 1 -n hyökkäyskeinot.