Analogia ja homologia
Homologiset ja analogiset rakenteet evoluutiossa ovat eri lajeilla olevia samankaltaisia rakenteita. Biologisten rakenteiden katsotaan johtuvan joko siitä, että niillä on yhteinen kantamuoto jolta molemmat ovat perineet ominaisuuden tai sitten samanlaiset rakenteet johtuvat siitä, että niitä ovat ohjanneet samanlaiset valintapaineet.
Analogisuutta ja homologisuutta voidaan tutkia geneettistä samankaltaisuutta vertailemalla. Jos samankaltaisen rakenteen omaavat eliöt ovat geneettisesti toistensa lähellä, on kyseessä homologisuus ja jos geneettiset erot ovat suuremmat, on kyseessä analoginen ominaisuus.
Se, ovatko jotkin piirteet keskenään analogisia vai homologisia riippuu myös kontekstista. Esimerkiksi lepakon ja lintujen siivet ovat keskenään samansyntyisiä ja ovat tätä kautta homologisia, jos tarkastellaan raajoja. Jos ominaisuuksia taas tarkastellaan niiden toiminnan kautta, linnun ja lepakon siivet ovat keskenään analogisia, koska linnut ja lepakot ovat kehittäneet lentämiseen tarvittavat rakenteet toisistaan riippumatta.
Homologia
Homologia on samankaltaisuutta joka on samansyntyistä. Tämä tarkoittaa sitä että kahden eri eläimen samankaltaisuus johtuu siitä että ominaisuus on kehittynyt kerran molempien yhteiselle kantamuodolla ja molemmat lajit ovat tämän jälkeen perineet sen. Esimerkiksi ihmisen ja simpanssin käsien samankaltaisuuden katsotaan johtuvan homologiasta.
Ortologia
Ortologinen (Orthologs) ominaisuus tai geeni ovat samankaltaisia eri lajeilla vaikka niillä onkin hieman eri toiminto. Näiden erilaisten ominaisuuksien geneettinen samankaltaisuuden katsotaan johtuvan sukulaisuudesta; ortologiset geenit ovat eronneet toisistaan lajiutumisessa.
Toinen määritelmä ortologialle kuvaa geenejä joilla on hyvin samankaltainen toiminta eri lajeissa. Tämä näkökantaeroaa määritelmästä siten että tässä tapauksessa ortologia ei kerro evolutiivisesta sukulaisuudesta vaan ainoastaan rakenteen samankaltaisuudesta.
Ortologiaa käytetään apuvälineenä taksonomisessa luokittelussa. Jos eliöt ovat geneettisesti samankaltaisia, ne on järkevää olettaa enemmän toistensa sukulaisiksi kuin ne jotka eroavat toisistaan geneettisesti enemmän. Vaikka ulkoinen rakenne näyttäisikin toiselta.
Paralogia
Homologiset sekvenssit ovat paralogisia (paralogous) jos ne ovat eronneet toisistaa geenin kahdentuman kautta. Jos organismin geeni on kahdentumisen jälkeen mutatoitunut eri toimintoon. Koska alkuperäisestä geenistä on kopio, valintapaine sallii kopion mutatoitumisen paljon vapaammin.
Paralogisia geenejä löytyy paljon saman lajin sisältä, mutta tämä ei ole välttämätöntä.
Analogia
Analogiset rakenteet ovat samantoimisia rakenteita eli ominaisuus on kehittynyt samankaltaiseksi toisistaan riippumatta. Analogisia rakenteita syntyy konvergentin evoluution kautta. Tällaisia samankaltaisuuksia ovat esimerkiksi kalojen ja delfiinien samankaltainen ruumiinrakenne, jonka katsotaan syntyneen sopeutumana vedessä uimiseen.