Nationes ("nacioj")

Komence ĝi estis dividita inter kvar t.n. "nacioj" (nationes) laŭ la proksimumaj devenaj teritorioj aŭ regnoj de la - nur viraj - studentoj, nome laŭ la "bohemia", "pola", "bavara" kaj "saksa". Ĉiu studento el la Reĝlando Bohemio, ĉu german- aŭ ĉeĥ-lingva, aŭtomate apartenis al la "bohemia nacio". Al la "pola nacio" apartenis ĉiuj studentoj el la eŭropa nordoriento, egale ĉu ili estis civitanoj de la mezepoka pola regno aŭ ne (do ekzemple ankaŭ rusoj), al la "saksa" ĉiuj studentoj el altgermana kaj malaltgermana Nordeŭropo (ekzemple do ankaŭ tiuj el nuntempa Nederlando) kaj el Skandinavio, al la "bavara" ĉiuj el suda Germanio, hodiaŭa Svislando kaj Italio.

En la aŭtonome administrita universitato, ĉiu "nacio" havis po unu voĉo. La ne-bohemaj nacioj kutime voĉdonis kontraŭ la bohema 3:1. La streĉoj inter la "nacioj" fortiĝis, kiam la bohema subtenis la eklezian reform-movadon de Jan Hus, dum la aliaj daŭre restis ĉe katolikismo. La Karola Universitato estis centro de la husana movado. La bohemaj studentoj atingis, ke la filo de imperiestro Karolo, reĝo Venceslao la 4-a de Bohemio, per la Dekreto de Kutná Hora (Kuttenberg) la 18-an de januaro 1409 decidis, ke la bohema nacio havos tri voĉojn kaj la aliaj kune unu voĉon. En majo 1409 ĉirkaŭ 1000 profesoroj kaj studentoj proteste forlasis Pragon kaj fondis novan universitaton en Lepsiko. Tiu elmigro kaj la fakto, ke la restintaj bohemoj en 1417 decidis, ke la praga universitato oficiale estus husana, izoligis ĝin de la aliaj (tiuepoke nur katolikaj) universitatoj de Eŭropo. Eĉ katolikaj bohemoj studis ne plu en Prago, sed en eksterlando. Kiel konsekvenco la antaŭa graveco de la Karola universitato perdiĝis.