Mikrotomo[1] (el la greka mikros, signife "malgranda", kaj temnein, signife "tranĉi") estas ilo uzata por tranĉi tre fajnajn tranĉaĵojn de materialo, konataj kiel sekcioj. Gravaj en scienco, mikrotomoj estas uzataj en mikroskopio, ĉar ĝi ebligas la preparadon de montraĵoj por observado danke al transmitita lumo aŭ elektrona radiado. Mikrotomoj uzas ŝtalon, vitron, aŭ diamantajn eĝojn depende el la tranĉota specimeno kaj el la dezirita fajneco de la eltranĉotaj sekcioj. Ŝtalaj eĝoj estas uzataj por prepari sekciojn de animalaj aŭ plantaj histoj por lum-mikroskopa histologio. Vitraj tranĉiloj estas uzataj por eltranĉi sekciojn por lum-mikroskopio kaj por eltranĉi tre fajnajn sekciojn por elektrona mikroskopio. Industriaj laŭgrade diamantaj tranĉiloj estas uzataj por eltranĉi durajn materialojn kiel ostoj, dentoj kaj planta materialo kaj por lum-mikroskopio kaj por elektrona mikroskopio. Juvel-kvalitaj diamantaj tranĉiloj estas uzataj por eltranĉi fajnajn sekciojn por elektrona mikroskopio.
Mikrotomio estas metodo por la preparado de fajnaj sekcioj por materialoj kiaj ostoj, mineraloj kaj dentoj, kaj kiel alternativo al elektropolurado kaj kiel iona muelado. Mikrotomaj sekcioj povas esti sufiĉe fajnaj kiel por sekci homan haron laŭlarĝe, kun sekcio pli fajna ol inter 50 nm kaj 100 µm.