Japanujo estas hejmo al naŭ arbaraj ekoregionoj, kiuj reflektas sian klimaton kaj geografion. La insuloj kiuj konstituas Japanujon, ĝenerale havas humidan klimaton, kiu varias de varma subtropika en la sudaj insuloj al mezvarma en la norda insulo de Hokajdo. Japanujo situas ĉe la konverĝo de tri tersupraĵaj ekozonoj, la palearktisa, la orientalisa kaj la pacifika ekozonoj, kaj siaj flaŭro kaj faŭno kombinas elementojn de ĉiuj tri. La ekoregionoj kiuj kovras la ĉefinsulojn de Japanujo, Honŝuo, Hokajdo, Kiuŝuo kaj Ŝikokuo, kune kun la proksimaj insuloj, estas konsideritaj partojn de la palearktiso. La insularkoj de suda Japanujo, Rjukju-insularo sudokcidente kaj Ogasavaroj sudoriente, estas hejmo al subtropikaj humidaj foliarbaraj ekoregionoj. Rjukju-insularo situas en la orientaliso, kaj Ogasavaroj estas parto de la pacifika ekozono.
La organizaĵo Naturprotekto Internacie signis Japanujon kiel biodiverseco-riĉaĵejon.
Tersupraĵaj ekoregionoj
Tropikaj kaj subtropikaj humidaj foliarbaroj
- Rjukju-insulaj subtropikaj ĉiamverdaj arbaroj
- Ogasavaraj subtropikaj humidaj arbaroj
Mezvarmaj foliaj kaj miksaj arbaroj
- Hokajdaj deciduaj arbaroj
- Nihonkaj ĉiamverdaj arbaroj
- Nihonkaj montaraj deciduaj arbaroj
- Tajhejaj ĉiamverdaj arbaroj
- Tajhejaj montaraj deciduaj arbaroj
- Hokajdaj montaraj koniferaroj
- Honŝuaj alpaj koniferaroj
Dolĉakvo-ekoregionoj
Maraj ekoregionoj
(nekompleta listo)
- Japana Maro
- Oĥotska Maro
- Orientĉina Maro
- Kuroŝio-Marfluo
- Ojaŝio-Marfluo
- Rjukju-insulaj rifoj
- Ogasavaraj rifoj
Eksteraj ligiloj
- angle La biodiverseco-riĉaĵejo Japanujo (Naturprotekto Internacie)
- angle Dolĉakvo-ekoregiono 641: Saĥalino, Hokajdo, & Marbordo de Sikhote-Alin (mezvarmaj marbordaj riveroj) Arkivigite je 2012-05-19 per la retarkivo Wayback Machine
- angle Dolcakvo-ekoregiono 642: Honŝuo-Ŝikokuo-Kiuŝuo (mezvarmaj marbordaj riveroj) Arkivigite je 2012-05-19 per la retarkivo Wayback Machine
- angle Dolĉakvo-ekoregiono 643 : Lago Biŭa Arkivigite je 2012-05-25 per la retarkivo Wayback Machine