Elektroforezo estas apliko de elektra kurento ĉe ĝelo kiu enhavas DNA-fragmentojn por ilin migrigi. Tiuj DNA-fragmentoj povas disiĝi laŭ sia longeco en agara aŭ akrilamida ĝelo. La miksaĵo kiu enhavas la DNA-n tranĉitan de restrikt-enzimo au ne estas deponita preter la ĝel-bordo, en putojn, kaj estas poste submetata al elektra kampo.
La DNA-molekuloj (negative ŝarĝitaj) migras en la elektran kampon al anodo laŭ la trako kongrua kun la puto en kiun ĝi estis deponita. Trapasante agarajn aŭ akrilamidajn maŝojn, ili disiĝas laŭ sia longeco: la pli longaj molekuloj havas avantaĝon esti pli retenataj kaj bremsataj ol pli etaj kaj migras malpli rapide kaj konsekvence malpli foren de la start-migr-punkto. Akrilamido havas pli gravan disigan povon ol agaro. Tamen, akrilamida ĝel-farado malpli facilas kaj krome la produktaĵo mem toksas.
Por videbligi la DNA-fragmentojn post elektroforezo, oni trempas la ĝelon en solvaĵon enhavanta broman etidiomon (mi ne trovis esperantan nomon). Tiu molekulo ŝoviĝas inter nukleajn bazojn kaj havas la trajton elradii ruĝ-oranĝan fluoreskon kiam ĝi eksitiĝas pro ultravioleta lumo. La ĝelo tiam observeblas sub UV-lampo kaj DNA-molekuloj kompleksitaj kun BE videbliĝas. Ĉar la migra distanco proporcias je la nukleotid-nombro-logaritmo, estas eble determini la havigitajn tranĉitajn fragmentoj-longecojn komparante ties eletroforezan moviĝ-kapablon kun tiuj de la referencaj DNA-fragmentoj kies longecojn oni konas (molekula pezmarkilo). Ankaŭ ekzistas markiloj kiuj ebligas taksi por ĉiu fragmento la dufadenan DNA-kvanton.
Iukaze, la disigendaj molekuloj estas unue markitaj per enkorpigo de radioaktiva izotopo. Tio ebligas facilan detekton per memradiografio: la energi-plenaj partikloj, elradiataj de radioizotopoj impresas fotografian filmon lokita ĉe la ĝelo. Necesas poste nur riveli la filmon kiel ordinaran fotografian filmeton por vidi la aperon de nigraj signaloj (bendoj) kiuj korespondas al pozicioj de radioaktivaj molekuloj.
Elektroforezo de la gliadinoj uzatas interalie por determini la variecojn de tritiko.