Patogenaj bakterioj estas bakterioj kiuj kaŭzas bakteriajn infektojn. Tiu artikolo temas pri homaj patogenaj bakterioj.

Kvankam plej ampleksa majoritato de bakterioj estas nedamaĝaj aŭ eĉ bonfaraj, kelkaj bakterioj estas patogenaj. Unu el la bakteriaj malsanoj kun tre alta malsana ŝarĝo estas tuberkulozo, kaŭzata de la bakterio Mycobacterium tuberculosis, kiu mortigas ĉirkaxŭ 2 milionojn da homoj ĉiujare, ĉefe en subsahara Afriko. Patogenaj bakterioj kontribuas al aliaj tutmonde gravaj malsanoj, kiaj pneŭmonito, kiu povas esti kaŭzata de bakterioj kiaj Streptococcus kaj Pseudomona], kaj manĝoportataj malsanoj, kiuj povas esti kaŭataj de bakterioj kiaj Shigella, Campylobacter kaj Salmonella. Patogenaj bakterioj povas kaŭzi infektojn kiaj tetanoso, tifoidea febro, difterio, sifiliso kaj lepro.