Thermoplasmata

Thermoplasmata ist die Bezeichnung einer Klasse (Biologie) von Archaeen in der Supergruppe Euryarchaeota.[1] Sie sind fakultativ anaerob, d. h. sie können sowohl in Gegenwart als auch in Abwesenheit von freiem Sauerstoff leben. Sie benötigen meist hohe Temperaturen und einen niedrigen pH-Wert (d. h. sie sind typischerweise thermoacidophil).

Thermoplasmata

Cuniculiplasma divulgatum

Systematik
Klassifikation: Lebewesen
Domäne: Archaea
ohne Rang: Euryarchaeota
Stamm: Thermoplasmatota
Klasse: Thermoplasmata
Wissenschaftlicher Name des Stamms
Thermoplasmatota
Rinke et al. 2019
Wissenschaftlicher Name der Klasse
Thermoplasmata
Reysenbach 2002
Ferroplasma acidiphilum

Die genaue Taxonomie dieser Klasse ist noch in der Diskussion (Stand Februar 2022). Sicher zugehörig ist die Ordnung Thermoplasmatales, deren Mitglieder alle acidophil (säureliebend) sind und bei pH-Werten unter 2 optimal wachsen. Die dieser Ordnung zugehörige Gattung Picrophilus war zur Zeit ihrer Erstbeschreibung 1996 der acidophilste aller bekannten Organismen, sie wächst bei einem Mindest-pH-Wert von 0,06. Eine weitere Ordnung der Thermoplasmata ist u. a. Methanomassiliicoccales, diese sind an der Methanogenese beteiligt.

Die Thermoplasmata haben meist keine Zellwand (Picrophilus ist hierbei eine Ausnahme[2]). Ihre Zellmembran besteht jedoch aus großen Mengen von Lipopolysacchariden und Glykoproteinen, die sie vor Hitze und Säuren schützen.

Thermoplasma-Archaeen leben beispielsweise in Halden von Kohleschlacken, wo chemoautotrophe Bakterien Eisenpyrit zu Schwefliger Säure und Schwefelsäure oxidieren. Dies führt zu hohen Temperaturen und einem niedrigen pH-Wert, was die Bildung kleiner Kohlenstoffmoleküle begünstigt, die von den Thermoplasmata verstoffwechselt werden können.

Zwar sind die meisten der identifizierten Mitglieder der Thermoplasmata thermophil, es gibt jedoch auch einige nicht kultivierte Vertreter an der Meeresoberfläche und am Meeresboden.[3][4][5]

Zusammen mit einigen nahe verwandten Gruppen, insbesondere der Klasse Poseidoniia, bilden die Thermoplasmata eine Klade, die teilweise als Phylum Candidatus Thermoplasmatota[6][7][8] innerhalb eines Superphylums Euryarchaeota (sensu lato) angesehen wird.

Systematik

Der folgenden auszugsweise Systematik mit Stand Ende Februar 2023 liegen als Quellen zugrunde:

Phylum Candidatus Thermoplasmatota Rinke et al. 2019(G,N) [Diaforarchaea Petijean et al. 2015(N)]

  • Klasse Candidatus Poseidoniia Rinke et al. 2019(G,N) [Marine Group II, MGII]
●Ordnung Poseidoniales Rinke et al. 2019(G,N)
  • Familie „Ca. Poseidoniaceae“ Rinke et al. 2020(G,N) [„Ca. Poseidonaceae“ Rinke et al. 2019,(N) Marine Group IIa,(N) MGIIa]
    • Gattung Ca. Poseidonia Rinke et al. 2019(G,N)
    • Gattung MGIIa-I (G)
      • Spezies MGIIa-I sp002498205,(G) mit Stamm Euryarchaeota archaeon UBA596(G,N)
        – Fundort: Solewasser
  • Familie „Ca. Thalassarchaeaceae“ Rinke et al. 2019(G,N) [Marine Group IIb,(N) MGIIb]
    • Gattung „Ca. Thalassarchaea“ corrig. Martin-Cuadrado et al. 2015 Rinke et al. 2019(N) [„Ca. Thalassarchaeum“ Martin-Cuadrado et al. 2015,(G,N) Ca. Thalassoarchaea(N)]
      • Spezies „Ca. Thalassarchaeum betae“ Rinke et al. 2019(G,N) [Ca. Thalassoarchaea betae,(N) Ca. Thalassarchaea betae], mit Stamm Cayman_51_deep
        – Fundort: Hydrothermal-Plume des Mid-Cayman Rise[11]
      • Spezies „Ca. Thalassoarchaea marina“ Martin-Cuadrado et al. 2015(N)
        – Fundort: Mittelmeer bei Alicante
      • Spezies „Ca. Thalassoarchaea mediterranii“ Martin-Cuadrado et al. 2015(N)
        – Fundort: Mittelmeer bei Alicante
      • Spezies Ca. Thalassoarchaea sp. SCGC AG-487_P23 [Ca. Thalassarchaeum sp. SCGC AG-487_P23(N)]
        – Fundort: Südost-Pazifik vor Chile
    • Gattung MGIIb-O1(G)
      • Spezies MGIIb-O1 sp002457595(G) [Marine Group II euryarchaeote MED-G36(N)]
        – Fundort: Vor der Küste von Alicante, Spanien[12]
      • Spezies MGIIb-O1 sp002457555(G) [Marine Group II euryarchaeote MED-G37(N)]
        – Fundort: ebenda[13]
      • Spezies MGIIb-O1 sp002502175(G) [Marine group II euryarchaeote REDSEA-S03_B6(N)]
        – Fundort: Rotes Meer, östlich der Mittelachse vor der altem Küstenstadt Dahaban, Saudi-Arabien[14]
    • Gattung MGIIb-O2(G)
    • Gattung MGIIb-O3(G)
      – Fundort: Rotes Meer (alle Spezies)
    • Gattung MGIIb-O5(G)
    • Gattung MGIIb-P(G)
    • Gattung MGIIb-Q1(G)
  • Familie SP79(G)
    • Gattung SP79(G)
  • Klasse Thermoplasmata Reysenbach 2002(N) [„Thermoplasmatia“ Oren, Parte & Garrity 2016, „Thermoplasmia“ Cavalier-Smith 2020, Picrophilea Cavalier-Smith 2002(L)]
●Ordnung „Aciduliprofundales“ G. E. Flores et al. 2011(G,N) [DHVE2 group, Deep-sea Hydrothermal Vent Euryarchaeota group 2,(N) DHVEG-2][A. 2]
● Ordnung „Candidatus Gimiplasmatales“ Hu et al. 2021(L,N) [UBA10834 [ord.](G)]
  • Familie „Ca. Gimiplasmataceae“" Hu et al. 2021(L) [UBA10834 [fam.](G)]
    • Gattung „Ca. Gimiplasma“ Hu et al.(L) [UBA10834(G)]
      • Spezies „Ca. Gimiplasma haoranii“ Hu et al. 2021(L) [UBA10834 sp10834u(G)], mit Stamm UBA10834[15][16]
        – Fundort: Noosa River, Queensland
● Ordnung „Candidatus Halarchaeoplasmatales“ Zhou et al. 2023(N) [PWKY01 [ord.];(G)[A. 4] ungültig: „Ca. Haloplasmatales“Zhou et al. 2022(N)[A. 5]]
  • Familie „Ca. Halarchaeoplasmataceae“ Zhou et al. 2023(N) [PWKY01 [fam.];(G)[A. 4] ungültig: „Ca. Haloplasmataceae“Zhou et al. 2022(N)[A. 5]]
    • Gattung „Ca. Haladaptatiplasma“ corrig. Zhou et al. 2023(N) [„Ca. Haladaptoplasma halalkaliphilum“ Zhouu et al. 2022(N)]
      • Spezies „Ca. Haladaptatiplasma halalkaliphilum“ corrig. Zhou et al. 2023(N) [„Ca. Haladaptoplasma halalkaliphilum“ Zhouu et al. 2022(N)], mit Stamm HAP24(N)
        – Fundort: Sediment des Dakbor Sodasees (大克泊, Dakebo Lake), Pond DK1; Otog-Banner, Innere Mongolei[17]
    • Gattung „Ca. Halarchaeoplasma“ Zhou et al. 2023(N) [PWKY01;(G)[A. 4] ungültig: „Ca. Haloplasma“ Zhou et al. 2022(N)[A. 5]]
      • Spezies „Ca. Halarchaeoplasma halalkaliphilum“ Zhou et al. 2023(N) [PWKY01 sp007133925;(G)[A. 4] ungültig: „Ca. Haloplasma halalkaliphilum“ Zhou et al. 2022(N)[A. 5]], mit Stamm CSSed165cm_322(N)
        – Fundort: Hypersaliner Salzsee, Kulundasteppe, Russland
      • Spezies PWKY01 sp003553085,(G)[A. 5] mit Stämmen B1Sed10_107R1[18] und T1Sed10_92[19]
        – Fundort (beide): Hypersaliner Salzsee, Kulundasteppe, Russland
      • Spezies PWKY01 sp003560595,(G)[A. 5] mit Thermoplasmata archaeon isolate CSSed10_214[20]
        – Fundort: ebenda
      • Spezies „Ca. Natronoplasma halalkaliphilum“ Zhou et al. 2022,(N) mit Stamm B1Sed10_20(N)
        – Fundort: ebenda
    • Gattung „Ca. Saliniplasma“ Zhou et al. 2022(N)
      • Spezies „Ca. Saliniplasma halalkaliphilum“ Zhou et al. 2022,(N) mit Stamm HAP6(N)
        – Fundort: Sediment des Dakbor Sodasees (大克泊, Dakebo Lake), Pond DK15; Otog-Banner, Innere Mongolei[17]
● Ordnung „Candidatus Lunaplasmatales“ Zinke et al. 2021(L) [„Ca. Proteinoplasmatales“ Yin et al. 2022,(N) SG8-5 [ord.](G)][A. 6]
  • Familie SG8-5 [fam.](G)
    • Gattung „Ca. Lunaplasma“" Zinke et al. 2021(L) [SG8-5(G)]
      • Spezies „Ca. Lunaplasma lacustris“" Zinke et al. 2021(L) [SG8-5 sp001595885(G), Ca. Proteinoplasmatales archaeon SG8-5(N)], mit Stämmen SG8-5,(G,N) RBG-16 und SAL16[21][A. 6]
        – Fundort: Ästuar des White Oak River, North Carolina
● Ordnung Methanomassiliicoccales Iino et al. 2013(G,N) [„Methanoplasmatales“ Paul et al. 2012(N)][21]
  • Familie Methanomassiliicoccaceae Iino et al. 2013(G,N)
    • Gattung „Ca. Methanogranum“ Iino et al. 2013(G,N)
      • Spezies „Ca. Methanogranum caenicola“ Iino et al. 2013(G,N) [Thermoplasmata archaeon Kjm51a(N)], mit Stamm Kjm51a(G,N)
        – Fundort: anaerober Schlamm, Chōfu, Tokio, Japan
      • Spezies Ca. Methanogranum sp. U3.2.1(G,N)
        – Fundort: Trebeltaler Moor, Deutschland
    • Gattung „Ca. Methanoplasma“ Lang et al. 2015(G,N)
      • Spezies „Ca. Methanoplasma termitum“ Lang et al. 2015(G,N) [Methanomassiliicoccales archaeon Mpt1(N)], mit Stamm Mpt1(G,N)
        – Fundort: Termitendarm
    • Gattung „Methanomassiliicoccus“ Dridi et al. 2012(G,N)
      • Spezies „Ca. Methanomassiliicoccus armoricus“ Cozannet et al. 2021,(L) mit Stamm MXMAG1
      • Spezies „Ca. Methanomassiliicoccus luminyensis“ Dridi et al. 2012,(G,N) mit Stamm B10 alias DSM:25720(G,N)
      • Spezies Methanomassiliicoccus sp. …(N)
    • Gattung Methanomassiliicoccus_A(G) (abgetrennt)
      • Spezies Methanomassiliicoccus_A intestinalis(G) [Methanomassiliicoccus intestinalis Borrel et al. 2013(N)], mit Stamm Issoire-Mx1(G,N)
        – Fundort: Issoire, Menschliche Fäkalien (Anreicherungskultur)
  • Familie Methanomethylophilaceae Gaci et al. 2014(G,L,N)
    • Gattung Methanomethylophilus Borrel et al. 2012(G,L,N)
      • Spezies Methanomethylophilus alvi Borrel et al. 2023,(G,N) mit Stamm Mx-05 alias JCM 31474(G,N) [archaeon Mx1201(N)], mit Stamm Mx1201(G,N)
        – Fundort: Menschlicher Darm
    • Gattung „Ca. Methanospyradousia“ Gilroy et al. 2021
      • Spezies „Ca. Methanospyradousia avicola“ Gilroy et al. 2021,(L) mit Stamm 6227(L)
● Ordnung „Candidatus Sysuiplasmatales“ Yuan et al. 2021(N)[22]
  • Familie „Ca. Sysuiplasmataceae“ Yuan et al. 2021(N)
    • Gattung „Ca. Sysuiplasma“ Yuan et al. 2021(N)
      • Spezies „Ca. Sysuiplasma acidicola“ Yuan et al. 2021,(N) mit Stamm TUT18-bin.7(N)
        – Fundort: Grubenentwässerung, Yongping Copper Mine (Jiangxi Copper), Jiangxi, China
      • Spezies „Ca. Sysuiplasma jiujiangense“ Yuan et al. 2021,(N) mit Stamm UT3-bin.92(N)
        – Fundort: Grubenentwässerung, Yongping Copper Mine (Jiangxi Copper), Jiangxi, China
      • Spezies „Ca. Sysuiplasma superficiale“ Yuan et al. 2021,(N) mit Stamm YP2-bin.285(N)
        – Fundort: Grubenentwässerung, Yongping Copper Mine (Jiangxi Copper), Jiangxi, China
● Ordnung „Candidatus Yaplasmales“ Zheng et al. 2022(N) [„Ca. Detorarchales“ Pallen & Alikhan 2021(N), RBG-16-68-12 [ord.](G,N)][23][A. 2]
  • Familie EA-27 (G)
    • Gattung EA-27(G)
      • Spezies EA-27 sp005878375, mit Euryarchaeota archaeon isolate EA_27[24](G,N)
        – Fundort: Angelo Coast Range Reserve,[25] Mendocino County, Kalifornien
      • Spezies EA-27 sp016207545, mit Euryarchaeota archaeon isolate NC_groundwater_1309_Ag_S-0.2um_67_55[26](G,N)
        – Fundort: Grundwasser, Modesto, Kalifornien
  • Familie JAFNFQ01(G)
    • Gattung JAFNFQ01(G)
      • Spezies JAFNFQ01 sp017885655,(G) mit Stamm bin_16[27](G,N)
        – Fundort: Seesediment bei Abisko, Schweden
  • Familie RBG-16-68-12 [fam.](G)
    • Gattung EA-19(G)
      • Spezies EA-19 sp005878915,(G) mit Stamm EA_22(G)
      • Spezies EA-19 sp005878955,(G) mit Stamm EA_19(G)
    • Gattung RBG-16-68-12(G)
      • Spezies RBG-16-68-12 sp001800745(G) [Euryarchaeota archaeon RBG_16_68_12(N)] („Ca. Yaplasmales“ clade C)[23]
        – Fundort: Untergrundsediment; Brunnen D04 in 0,3 m (16 ft) Tiefe, Rifle, Colorado
  • Familie SOIM01(G)
    • Gattung SOIM01(G)
      • Spezies SOIM01 sp004377185,(G) mit Stamm E29_bin30(G)
  • Klasse B47-G6 [cls.](G)
  • Klasse E2(G)
    • Ordnung DHVEG-1 [ord.](G)
      • Familie DHVEG-1 [fam.](G)
        • Gattung SG8-52-3(G)
          • Spezies SG8-52-3 sp001595915(G) [Thermoplasmatales archaeon SG8-52-3(N)]
            – Fundort: Ästuar des White Oak River, North Carolina
  • Klasse EX4484-6(G)
  • Klasse SW-10-69-26(G)
    • Spezies SW-10-69-26 sp003009755(G) [Thermoplasmatales archaeon SW_10_69_26(N)]
      – Fundort: Salzkruste (Halit), Atacama-Wüste, Chile
  • Klasse UBA186(G)
    • Spezies UBA186 sp002494765(G) [Euryarchaeota archaeon UBA186(N)]
      – Fundort: Ölverschmutztes Meerwasser, Coal Oil Point Kaltquellenfeld,[35] Santa Barbara
  • Mitglieder des Phylums Thermoplasmatota mit unsicherer Klassenzuweisung (incertae sedis: Poseidoniia oder Thermoplasmata)[A. 8]
    • Ordnung Ca. Thermoprofundales Zhou et al. 2019(N) [Marine Benthic Group D,(N) MBG-D,(L) Marine Group III,(N) MGIII(G)][36][A. 8]
      • Familie CG-Epi1(G)
        • Gattung CG-Epi1(G)
          • Spezies CG-Epi1 sp001875345(G) [Marine Group III euryarchaeote CG-Epi1(N)]
        • Gattung UBA102(G)
        • Gattung UBA8886(G)

Phylogenie

Phylogenetischer Baum der Thermoplasmata nach zwei Vorschlägen:

16S-rRNA-basiert LTP_01_2022[37][38][39]
 ​ 
 Methanomassiliicoccales 

Methanomassiliicoccaceae


 Thermoplasmatales​ 

Thermoplasmataceae


 ​ 

Thermogymnomonas


 ​ 

Cuniculiplasmataceae


 ​ 

Picrophilaceae


   

Ferroplasmataceae







Vorlage:Klade/Wartung/Style
53 marker proteins based GTDB 07-RS207[40][41][42]
 ​ 
 Methanomassiliicoccales​ 

Methanomassiliicoccaceae


   

"Methanomethylophilaceae"



 ​ 
 Halarchaeoplasmatales (PWKY01 [ord.]) 

Halarchaeoplasmatacae (PWKY01 [fam.])


 ​ 
 "Aciduliprofundales" 

"Aciduliprofundaceae"


 Thermoplasmatales 

Thermoplasmataceae





Vorlage:Klade/Wartung/Style

Etymologie

Die folgenden Herleitungen stammen, wo nicht anders angegeben, aus der LPSN zum jeweiligen Taxon (ausgehend von Thermoplasmata):[9]

  • Die Bezeichnung der Typusgattung Thermoplasma leitet sich ab von altgriechisch θέρμη thermē, deutsch ‚Hitze‘ und πλάσμα plásma, deutsch ‚formbare Masse‘, ‚etwas Geformtes‘, es wird damit also eine heiße oder Hitze liebende formbare Masse bezeichnet, was – wie bei den meisten anderen Vertretern der Thermoplasmatota – auf das Fehlen einer Zellwand hinweist.
    • Die Bezeichnung der Klasse Thermoplasmata leitet sich ab von der Typusgattung Thermoplasma, zusammen mit der Klassen kennzeichnenden Endung ‚-ata‘ (Nominativ Plural).
    • Die Bezeichnung des Phylums Thermoplasmatota leitet sich ab von der Typusklasse Thermoplasmata, zusammen mit der Phyla kennzeichnenden Endung ‚-ota‘.
    • Analog leitet sich die Bezeichnung der Ordnung Thermoplasmatales ebenfalls ab von der Typusklasse, aber mit der Ordnungen kennzeichnenden Endung ‚-ales‘.
  • Die Bezeichnung der Klasse Poseidoniia leitet sich ab von der Typusgattung Poseidonia, diese ist benannt nach Poseidon, dem griechischen Gott des Meeres; Poseidoniia („die Poseidonier“) bezeichnet also die Poseidonia-Klasse.
  • Die Bezeichnung der Ordnung Aciduliprofundales leitet sich her von ihrer Typusgattung Aciduliprofundum, diese setzt sich zusammen aus lateinisch acidulus ‚säuerlich‘ und profundus ‚tief‘, angehängt ist der Suffix ‚-ales‘ für Ordnungen. Dies bezeichnet daher einen säureliebenden Organismus aus der Tiefe.
  • Die Bezeichnung der Ordnung Gimiplasmatales leitet sich ab von ihrer Typusgattung Gimiplasma, was sich zusammensetzt aus der Abkürzung GIM für das Guangdong Institute of Microbiology und der Endung ‚-plasma‘ für eine formbare Masse; angehängt ist der Suffix ‚-ales‘ für Ordnungen.
  • Die Bezeichnung der Ordnung Halarchaeoplasmatales leitet sich ab von der Typusgattung Halarchaeoplasma, zusammengesetzt aus altgriechisch ᾰ̔́λς háls, deutsch ‚Salz‘, Genitiv ᾰ̔λός halos, dem Mittelteil ‚-archaeo-‘ zur Unterscheidung von Bakterien in ähnlichen Umgebungen, und der Endung ‚-plasma‘ für eine formbare Masse; angehängt ist der Suffix ‚-ales‘ für Ordnungen.
  • Die Bezeichnung der Ordnung Lunaplasmatales leitet sich ab von ihrer Typusgattung Lunaplasma, diese ist zusammengesetzt aus lateinisch luna ‚Mond‘ und der Endung ‚-plasma‘ für eine formbare Masse; angehängt ist der Suffix ‚-ales‘ für Ordnungen.
  • Die Bezeichnung der Ordnung Methanomassiliicoccales leitet sich ab von der Typusgattung Methanomassiliicoccus, zusammengesetzt aus den Namensteilen lateinisch ‚Methano-‘, Methan betreffend, ebenfalls lateinisch Massilia ‚Marseille‘ und neulateinisch coccus von altgriechisch κόκκος kókkos, deutsch ‚Kern, Korn‘; die Ordnung ist noch mit dem Ordnungs-Suffix ‚-ales‘ versehen. Die Bezeichnung steht also für methanbildende Kügelchen aus (gefunden oder erforscht in) Marseille.
  • Die Bezeichnung der vorgeschlagenen Ordnung Sysuiplasmatales leitet sich ab von ihrer Typusgattung Sysuiplasma, deren Name kommt vom Akronym SYSU der Sun-Yat-sen-Universität (Guangzhou), wo diese Organismen erforscht wurden, und der Endung ‚-plasma‘ für eine formbare Masse; die Ordnung ist noch versehen mit dem entsprechenden Suffix ‚-ales‘.[22]
  • Die Bezeichnung der vorgeschlagenen Ordnung Yaplasmales leitet sich ab von chinesisch 涯 Ya, deutsch ‚Grenze‘, ‚-plasma-‘ für eine formbare Masse und dem Ordnungs-Suffix ‚-ales‘. Dies weist darauf hin, dass sie (unter anderem) in den nährstoffarmen Sedimenten der Tiefsee leben.[23]
  • Die Bezeichnung der Ordnung Thermoprofundales leitet sich ab von altgriechisch θέρμη thermē, deutsch ‚Hitze‘ und lateinisch profundus ‚tief‘. Die kennzeichnet die hitzeliebenden Archaeen aus der Tiefe des Meeres, entsprechend dem alten Namen Marine benthic Group-D (MBG-D).

Eine provisorische Bezeichnung für eine Reihe von Euryarchaeota-Kladen aus Tiefsee-Hydrothermalquell ist DHVE oder DHVEG, ausgeschrieben Deep-sea Hydrothermal Vent Euryarchaeota (group), gefolgt von einer Nummer.

Anmerkungen
  1. In der LPSN beinhaltet das Phylum "Candidatus Thermoplasmatota" lediglich die Klasse "Candidatus Poseidoniia". Die Klasse Thermoplasmata ist dagegen direkt den Euryarchaeota (mit dem Rang eines Phylums) zugeordnet. Dies könnte eine Inkonsistenz darstellen. Die hier angegebene Systematik folgt daher in der Zuordnung dieser Taxa der GTDB.
  2. Die Ordnungen Aciduliprofundales (DHVE2) und Yaplasmales (Detorarchales/RBG-16-68-12) sind in der NCBI-Taxonomie Mitglied des Phylums Thermoplasmatota ohne Klassenzuordnung, gehören in der GTDB aber zur Klasse Thermoplasmata. Kein Eintrag in der LPSN für eine dieser beiden Ordnungen.
  3. Der Stamm ARK-15 definiert in der NCBI-Taxonomie eine Spezies der Gattung Aciduliprofundum in der Ordnung Aciduliprofundales [DHVE2]. Die GTDB stellt ihn jedoch in eine eigene Ordnung.
  4. Die Ordnungen PWKY01 (GTDB) und Ca. Halarchaeoplasmatales (NCBI-Taxonomie), deren Familien PWKY01 (GTDB) und Ca. Halarchaeoplasmataceae (NCBI), deren Gattungen PWKY01 (GTDB) und Ca. Halarchaeoplasma (NCBI), inklusive deren Spezies PWKY01 sp007133925 (GTDB) und Ca. Halarchaeoplasma halalkaliphilum (NCBI) werden hier synonymisiert wegen des gemeinsamen Referenzstamms CSSed165cm_322 dieser Spezies.
  5. Die ursprünglichen Bezeichnungen Haloplasmatales, Haloplasmataceae und Haloplasma sind wegen Doppelvergabe ungültig und wurden geändert. Haloplasmatales Rainey et al. 2008, Haloplasmataceae Rainey et al. 2008 und Haloplasma Antunes et al. 2008 bezeichnen bereits eine Bakterienordnung, -familie bzw. -gattung der Bacilli (Firmicutes, nach GTDB) oder Mollicutes (Mycoplasmatota nach LPSN, NCBI).
  6. Die Ordnung Lunaplasmatales (syn. Proteinoplasmatales, SG8-5) ist in der LPSN-Taxonomie Mitglied des Phylums Thermoplasmatota ohne Klassenzuordnung, gehören in der GTDB aber zur Klasse Thermoplasmata. In der NCBI-Taxonomie firmiert diese Ordnung unter Euryarchaeota incertae sedis.
  7. Der vermittels Metagenomik-Daten vorgeschlagene Stamm ARK-15 gehört in der NCBI-Taxonomie zur Gattung Aciduliprofundum (Ordnung Aciduliprofundales/DHVE2). Die GTDB stellt ihn jedoch in eine eigene Ordnung ARK-15 innerhalb der (gemeinsamen) Klasse Thermoplasmata.
  8. Die Ordnung Thermoprofundales [MGIII] gehört in der NCBI-Taxonomie zur Klasse Thermoplasmata, in der GTDB aber zur Klasse Poseidoniia. In der LPSN ist der Eintrag incertae sedis, aber angegliedert (englisch affiliated) an Thermoplasmata.

Weiterführende Literatur

Wissenschaftliche Journale
  • Chao Lun Li, Yun Tao Jiang, Da Li Liu, JieLei Qian, Jing Ping Liang, Rong Shu: Prevalence and quantification of the uncommon Archaea phylotype Thermoplasmata in chronic periodontitis. In: Archives of Oral Biology. 59. Jahrgang, Nr. 8, August 2014, S. 822–828, doi:10.1016/j.archoralbio.2014.05.011, PMID 24859768 (englisch).
  • Morten Poulsen, Clarissa Schwab, Bent Borg Jensen, Ricarda M. Engberg, Anja Spang, Nuria Canibe, Ole Hojberg: Methylotrophic methanogenic Thermoplasmata implicated in reduced methane emissions from bovine rumen. In: Nature Communications. 4. Jahrgang, Nr. 1428, Juni 2013, S. 1947, doi:10.1038/ncomms2847, bibcode:2013NatCo...4.1947P (englisch).
  • Thomas Cavalier-Smith: The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification. In: Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 52. Jahrgang, Nr. 1, 2002, S. 7–76, doi:10.1099/00207713-52-1-7, PMID 11837318 (englisch).
  • Carl R. Woese, O. Kandler, W. L. Wheelis: Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. In: Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 87. Jahrgang, Nr. 12, 1990, S. 4576​–4579, doi:10.1073/pnas.87.12.4576, PMID 2112744, PMC 54159 (freier Volltext), bibcode:1990PNAS...87.4576W (englisch).

Wissenschaftliche Bücher
  • A. L. Reysenbach: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria. Hrsg.: D. R. Boone, R. W. Castenholz. 2. Auflage. Springer Verlag, New York 2001, ISBN 978-0-387-98771-2, Class IV. Thermoplasmata class. nov., S. 169 (englisch). S. 169.
  • G. M. Garrity, J. G. Holt: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria. Hrsg.: D. R. Boone, R. W. Castenholz. 2. Auflage. Springer Verlag, New York 2001, ISBN 978-0-387-98771-2, Phylum AII. Euryarchaeota phy. nov., S. 169 (englisch). S. 169.

Wissenschaftliche Datenbanken

Einzelnachweise
  1. Sayers et al.: Thermoplasmata. National Center for Biotechnology Information (NCBI) Taxonomy database, abgerufen am 22. Februar 2023 (englisch).
  2. Christa Schleper, G. Puehler, I. Holz, A. Gambacorta, D. Janekovic, U. Santarius, H. P. Klenk, Wolfram Zillig: Picrophilus gen. nov., fam. nov.: a Novel Aerobic, Heterotrophic, Thermoacidophilic Genus and Family Comprising Archaea Capable of Growth around pH 0. In: J Bacteriol. Band 177, Nr. 24, Dezember 1995, S. 7050​–7059; doi:10.1128/jb.177.24.7050-7059.1995, PMID 8522509, PMC 177581 (freier Volltext).
  3. A. L. Reysenbach: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria. Hrsg.: D. R. Boone, R. W. Castenholz. 2. Auflage. Springer Verlag, New York 2001, ISBN 978-0-387-98771-2, Class IV. Thermoplasmata class. nov., S. 169 (englisch). S. 169.
  4. Eugene Rosenberg, Edward F. DeLong, Stephen Lory, Erko Stackebrandt, Fabiano Thompson (Hrsg.): The Prokaryotes. Other Major Lineages of Bacteria and the Archaea. In: Springer Reference, 4. Auflage, Springer-Verlag Berlin Heidelberg 2014. ISBN 978-3-642-38953-5, doi:10.1007/978-3-642-38954-2.
  5. Joel Cracraft, Michael J. Donoghue: Assembling the tree of life. Oxford University Press US, 2004, ISBN 0-19-517234-5, S. 58–59.
  6. J. P. Euzéby: Phylum "Candidatus Thermoplasmatota". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), abgerufen am 22. Februar 2023 (englisch).
  7. Sayers et al.: Candidatus Thermoplasmatota. National Center for Biotechnology Information (NCBI) Taxonomy database, abgerufen am 22. Februar 2023 (englisch).
  8. Taxonomy Tree for Phylum Thermoplasmatota. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 22. Februar 2023 (englisch).
  9. J. P. Euzéby: Class Thermoplasmata. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), abgerufen am 22. Februar 2023 (englisch).
  10. Taxonomy Tree for Class Thermoplasmata. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 22. Februar 2023 (englisch).
  11. Mid-Cayman Rise Expedition 2011. NOAA Ocean Exploration.
  12. Sayers et al.: MAG: Marine Group II euryarchaeote MED-G36, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide database, abgerufen am 25. Februar 2023 (englisch).
  13. Sayers et al.: MAG: Marine Group II euryarchaeote MED-G37, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide database, abgerufen am 25. Februar 2023 (englisch).
  14. Sayers et al.: MAG: Marine group II euryarchaeote REDSEA-S03_B6, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide database, abgerufen am 25. Februar 2023 (englisch).
  15. Wenzhe Hu, Jie Pan, Bin Wang, Jun Guo, Meng Li, Meiying Xu: Metagenomic insights into the metabolism and evolution of a new Thermoplasmata order (Candidatus Gimiplasmatales). In: Environmental Microbiology; Band 23, Nr. 7, Special Issue on Ecophysiology of Extremophiles, Juli 2021, S. 3695​-3709; doi:10.1111/1462-2920.15349, ResearchGate, ePub 9. Dezember 2020. Siehe insbes. Supplementary Figure S2.
  16. Sayers et al.: SAMN13192966; Sample name: UBA10834 genome recovered from ERX1114176; SRA: SRS5771354. National Center for Biotechnology Information (NCBI) BioSample database, abgerufen am 23. Februar 2023 (englisch).
  17. Xiaosi Su, Geng Cui, Huang Wang, Zhenxue Dai, Nam Chil Woo, Wenzhen Yuan: Biogeochemical zonation of sulfur during the discharge of groundwater to lake in desert plateau (Dakebo Lake, NW China). In: Environmental Geochemistry and Health , Band 40, Juni 2018, S. 1051–1066; doi:10.1007/s10653-017-9975-9, ResearchGate.
  18. Sayers et al.: SAMN08575169; Sample name: bin.B1Sed10.107R1. National Center for Biotechnology Information (NCBI) BioSample database, abgerufen am 23. Februar 2023 (englisch).
  19. Sayers et al.: MAG: Euryarchaeota archaeon isolate CPBay_Spr30G08_8… National Center for Biotechnology Information (NCBI) BioSample database, abgerufen am 24. Februar 2023 (englisch).
  20. Sayers et al.: MAG: Thermoplasmata archaeon isolate CSSed10_214, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide database, abgerufen am 23. Februar 2023 (englisch).
  21. Laura A. Zinke, Paul N. Evans, Christian Santos-Medellín, Alena L. Schroeder, Donovan H. Parks, Ruth K. Varner, Virginia I. Rich, Gene W. Tyson, Joanne B. Emerson: Evidence for non-methanogenic metabolisms in globally distributed archaeal clades basal to the Methanomassiliicoccales. In: Environ Microbiol, Band 23, Nr. 1, Januar 2021, S. 340–357; doi:10.1111/1462-2920.15316, PMID 33185945, Epub 27. November 2020.
  22. Yang Yuan, Jun Liu, Tao-Tao Yang, Shao-Ming Gao, Bin Liao, Li-Nan Huang: Genomic Insights into the Ecological Ro​le and Evolution of a Novel Thermoplasmata Order, "Candidatus Sysuiplasmatales". In: Appl Environ Microbiol, Band 87, Nr. 22, e0106521, 28. Oktober 2021; doi:10.1128/AEM.01065-21, PMID 34524897, PMC 8552897 (freier Volltext), Epub 15. September 2021.
  23. Peng-Fei Zheng, Zhanfei Wei, Yingli Zhou, Qingmei Li, Zhao Qi, Xiaoping Diao, Yong Wang: Genomic Evidence for the Recycling of Complex Organic Carbon by Novel Thermoplasmatota Clades in Deep-Sea Sediments. In: ASM Journals: mSystems, Band 7, Nr. 3, 18. April 2022; doi:10.1128/msystems.00077-22.
  24. Sayers et al.: MAG: Euryarchaeota archaeon isolate EA_27, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide database, abgerufen am 24. Februar 2023 (englisch).
  25. Angelo Coast Range Reserve, University of California Natural Reserve System.
  26. Sayers et al.: MAG: Euryarchaeota archaeon isolate NC_groundwater_1309_Ag_S-0.2um_67_55, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide database, abgerufen am 24. Februar 2023 (englisch).
  27. Sayers et al.: MAG: Euryarchaeota archaeon isolate bin_16, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide database, abgerufen am 24. Februar 2023 (englisch).
  28. Sayers et al.: MAG: Aciduliprofundum sp. isolate ARK-15, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide database, abgerufen am 23. Februar 2023 (englisch).
  29. Sayers et al.: MAG: Thermoplasmata archaeon isolate B31_G17, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide database, abgerufen am 23. Februar 2023 (englisch).
  30. Sayers et al.: MAG: Thermoplasmata archaeon isolate B87_G9, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide database, abgerufen am 23. Februar 2023 (englisch).
  31. Sayers et al.: SAMN09640009; Sample name: Uncultivated Euryarchaeota archaeon SpSt-866, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) BioSample database, abgerufen am 23. Februar 2023 (englisch). Die angegebenen Koordinaten zeigen auf den Obsidian Pool.
  32. Sayers et al.: MAG TPA_asm: Thermoplasmata archaeon isolate UBA184, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide database, abgerufen am 23. Februar 2023 (englisch).
  33. Sayers et al.: MAG: Thermoplasmata archaeon isolate S014_43_esom, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide database, abgerufen am 23. Februar 2023 (englisch).
  34. Sayers et al.: MAG: Thermoplasmata archaeon isolate B47_G6, … National Center for Biotechnology Information (NCBI) Nucleotide database, abgerufen am 23. Februar 2023 (englisch).
  35. Coal Oil Point Reserve. UC Santa Barbara Natural Reserve System.
  36. J. P. Euzéby: Order "Candidatus Thermoprofundales". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), abgerufen am 22. Februar 2023 (englisch).
  37. The LTP. Abgerufen am 23. Februar 2022 (englisch).
  38. LTP Kompletter Phylogenetischer Baum im Newick-Format. Abgerufen am 23. Februar 2022 (englisch).
  39. LTP_01_2022 Release Notes. Abgerufen am 23. Februar 2022 (englisch).
  40. GTDB release 07-RS207. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 22. Juni 2022 (englisch).
  41. ar53_r207.sp_labels. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 20. Juni 2022 (englisch). Phylogenetische Baum im Newick-Format.
  42. Taxon History. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 20. Juni 2022 (englisch).
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