Suolaviridae

Suolaviridae ist eine vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) im März 2022 neu eingerichtete Familie von Archaeen­viren innerhalb der Klasse Caudoviricetes. Sie ist innerhalb dieser Klasse bisher ohne nähere Zuordnung (Stand 6. März 2024);[1] mit diesem Stand umfasst die Familie monotypisch nur eine Gattung, Pormufvirus mit einer einzigen Art (Spezies) Pormufvirus HRTV28 (Referenz­stamm Halorubrum tailed virus 28, kurz: HRTV-28).[1][2][3]

Suolaviridae

Virion von HRTV-28 (TME-Aufnahme)

Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Duplodnaviria
Reich: Heunggongvirae
Phylum: Uroviricota
Klasse: Caudoviricetes
Ordnung: incertae sedis
Familie: Suolaviridae
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA unsegmentiert, linear
Baltimore: Gruppe 1
Symmetrie: ikosaedrisch, tailed
(Siphoviren)
Wissenschaftlicher Name
Suolaviridae
Links
NCBI Taxonomy: 2946171 (Fam.),
2878009 (HRTV-28)
NCBI Reference: NC_062761, MZ334528
ICTV Taxon History: 202212158

Die Zugehörigkeit zu den Caudoviricetes und ihre halophilen Archaeen­wirte klassifizieren die Suolaviridae nicht-taxonomisch einerseits als arTVs (archaeal tailed viruses), andererseits als Haloviren.

Beschreibung

Morphologie

Die durch HRTV-28 repräsentierten Suolaviridae sind vom Morphotyp der Siphoviren.[3][4][5]

Wirte

Der Wirt von HRTV-28 ist der Stamm SS8-7 der halophilen Archaeen-Gattung Halorubrum (Ordnung Haloferacales, Euryarchaeota) – die Spezies trägt den provisorischen Namen Halorubrum sp. SS8-7.[5][6][7]

Habitat und Fundort

HRTV-28 wurde aus im November 2009 entnommenen Wasserproben (sample SSII) von Salinen (solar saltern) an der Küste der Provinz Samut Sakhon in Thailand identifiziert (13,5333° N, 100,2833° O). [2][5][6][8]

Genom und Proteom

Das Genom der Suolaviridae unsegmentiert, es ist ein lineares dsDNA-Molekül mit einer Länge von ca. 35 kbp (Kilo­basen­paaren).[3]

Das bereits zuvor beschriebene Halorubrum tailed virus 28 (HHTV-28) fand sich bei einer 2021 veröffentlichten Clusteranalyse mit 63 vollständigen Genomen von arTVs in einem als F10 bezeichneten Singleton[2]

Die Länge des unsegmentierten dsDNA-Genoms von HRTV-28 beträgt 35.270 abp.[2][3]

Die für die Gattung Pormufvirus als charakteristisch geltenden (und namensgebenden, siehe § Etymologie) Proteine sind das Portalprotein und ein gpF-Protein ähnlich dem von Escherichia-Phage Mu (Spezies Muvirus mu, Morphotyp: Myoviren).[9][10][11]

Systematik

Die Systematik der Familie Suolaviridae gemäß International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) – mit Ergänzungen nach der Taxonomie des National Center for Biotechnology Information (NCBI) – ist wie folgt (Stand 6. März 2024):[12][8]

Familie Suolaviridae (ursprünglich als „F10-Gruppe“ bezeichnet)

  • Gattung Pormufvirus
    • Spezies Pormufvirus HRTV28
      • Stamm Halorubrum-Virus HRTV-28 (Halorubrum tailed virus 28, HRTV-28) – Genomlänge: 35.270 bp[4][13]

Etymologie
  • Die Bezeichnung der Familie Suolaviridae ist abgeleitet von finnisch suola ‚Salz‘, was sich auf die Haloarchaeen-Wirt dieser Viren bezieht; die Endung ‚-viridae‘ bezeichnet Virenfamilien.[1][2][3]
  • Der Gattungsname Pormufvirus ist als Kofferwort eine Zusammenziehung von portal- and Mu gpF proteins, zwei charakteristische Proteine des diese Gattung repräsentierenden Virus HRTV-28.[2]
    • Das Art-Epitheton HRTV28 verweist auf das typische Virus Halorubrum tailed virus 28 (HRTV-28).

Einzelnachweise

[2] [5]

  1. ICTV: Family: Saparoviridae. 2022 Release, MSL #38.
  2. Ying Liu, Tatiana A. Demina, Simon Roux, Pakorn Aiewsakun, Darius Kazlauskas, Peter Simmonds, David Prangishvili, Hanna M. Oksanen, Mart Krupovic: Create three new orders and 14 new families in the class Caudoviricetes (Duplodnaviria, Uroviricota) for classification of archaeal tailed viruses (zip:docx), PDF (via Universität Helsinki). Vorschlag 2021.001A vom Oktober 2020: Tabelle 1.
    Maßgeblich ist Tabelle 1:
    • Shortaselviridae (F7) mit Gattung Lonfivirus
    • Suolaviridae (F10) mit Spezies Pormufvirus HRTV28 und Stamm Halorubrum tailed virus 28 (HRTV-28) – Siphoviren
    Genauso wurde es vom ICTV auch umgesetzt.[1] Damit wurde der Text des Vorschlags korrigiert, in dem irrtümlich HRTV-28 dem als F7-Gruppe bezeichneten Cluster und damit der Shortaselviridae-Gattung Lonfivirus zugeordnet wurde – dafür wurde dort der F10-Gruppe und der Suolaviridae-Gattung Pormufvirus das Virus HSTV-1 zugewiesen.
  3. Mart Krupovic: Family: Suolaviridae (interim Report). April 2023.
  4. Ying Liu, Tatiana A. Demina, Simon Roux, Pakorn Aiewsakun, Darius Kazlauskas, Peter Simmonds, David Prangishvili, Hanna M. Oksanen, Mart Krupovic: Diversity, taxonomy, and evolution of archaeal viruses of the class Caudoviricetes. In: PLoS Biology, Band 19, Nr. 11, 9. November 2021, e3001442; doi:10.1371/journal.pbio.3001442, PMID 34752450, PMC 8651126 (freier Volltext) (englisch).
  5. Nina S. Atanasova, Tatiana A. Demina, Andrius Buivydas, Dennis H. Bamford, Hanna M. Oksanen: Archaeal Viruses Multiply: Temporal Screening in a Solar Saltern. In: MDPI: Viruses, Band 7, Section Bacterial Viruses, Nr. 4, 10. April 2015, S. 1902–1926; doi:10.3390/v7041902, PMID 25866903, PMC 4411682 (freier Volltext) (englisch). Siehe insbes. Supplement (PDF; 0,8 MB).
    Anm.: In der Legende von Figure 2 ist „Isolate No. 28, HCTV-28“ nach Tabelle S4 zu lesen als „Isolate No. 28, HRTV-28“. Siehe auch Atanasova, Bamford, Oksanen (Juli/November 2015).[6]
  6. Nina S. Atanasova, Dennis H. Bamford, Hanna M. Oksanen: Haloarchaeal virus morphotypes. In: Biochimie, Band 118, November 2015, S. 333–343; doi:10.1016/j.biochi.2015.07.002, PMID 26151345, Epub 4. Juli 2015 (englisch).
  7. NCBI Taxonomy Browser: Halorubrum sp. SS8-7 (species). Nucleotide: KJ917643 Halorubrum sp. SS8-7 16S ribosomal RNA gene, partial sequence.
  8. NCBI Taxonomy Browser: Suolaviridae.
  9. ICTV: Species: Muvirus mu. 2022 Release, MSL #38.
  10. NCBI Taxonomy Browser: Escherichia phage Mu (no rank).
  11. SIB: Muvirus. Auf: ViralZone.
  12. ICTV: Taxonomy Browser.
  13. Virus-Host DB: Halorubrum tailed virus 28.
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