Strep-Protein Interaction Experiment

Das SPINE ist eine Variante des Pulldown-Assays, bei der ein Nachweis des Kontaktes zweier oder mehrerer Proteine durch eine Proteinreinigung anhand eines Strep-Tags an einem bekannten, meist rekombinanten Protein. Durch die Reinigung werden die bindenden Proteine mitaufgereinigt. Die Reinigung erfolgt durch Affinitätschromatographie (z. B. Streptactin) mit einer reversiblen Quervernetzung der Proteinkomplexe durch Formaldehyd zur Fixierung der meist vorübergehenden Bindung. Durch Aufkochen der vernetzten Proteinkomplexe in Probenpuffer wird die Vernetzung aufgehoben. Eine weitere Trennung wird anschließend durch eine SDS-PAGE erzielt. Die Identifikation der bindenden Proteine wird durch einen anschließenden In-Gel-Verdau und eine Analyse per Massenspektrometrie erreicht.[1] Für Membranproteine wurde die Methode angepasst, um unspezifische Wechselwirkungen aufgrund des hydrophoben Effekts zu mindern.[2][3]

1. C. Herzberg, L. A. Weidinger, B. Dörrbecker, S. Hübner, J. Stülke, F. M. Commichau: SPINE: a method for the rapid detection and analysis of protein-protein interactions in vivo. In: Proteomics. Band 7, Nummer 22, November 2007, S. 4032–4035, doi:10.1002/pmic.200700491. PMID 17994626.
2. V. S. Müller, P. R. Jungblut, T. F. Meyer, S. Hunke: Membrane-SPINE: an improved method to identify protein-protein interaction partners of membrane proteins in vivo. In: Proteomics. Band 11, Nummer 10, Mai 2011, S. 2124–2128, doi:10.1002/pmic.201000558. PMID 21472855.
3. V. S. Müller, K. Tschauner, S. Hunke: Membrane-SPINE: A Biochemical Tool to Identify Protein-protein Interactions of Membrane Proteins In Vivo. In: Journal of visualized experiments : JoVE. Nummer 81, 2013, S. , doi:10.3791/50810. PMID 24300168.