Speroviridae

Das Genom von Methanobacterium-Virus C158 wurde im Jahr 2022 am Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) in Frankreich aus einem Mikrokosmos (englisch microcosm) – d. h. einer mikrobiellen Gemeinschaft inklusive ihrer Viren – sequenziert, der mit Vertretern der Euryarchaeota-Gattung Methanobacterium angereuchert war.[2][3]

Das Genom von C158 wurde dort als zirkulärer Contig mit einer Länge von 42.490 bp assembliert. Es enthält 49 offene Leserahmen (open reading frames, ORFs). Aufgrund des Geninhalts ist es wahrscheinlich, dass das Virus eine siphovirusähnliche Morphologie aufweist; und solche Partikel wurden in den Mikrokosmosproben tatsächlich beobachtet. C158 zeigte keine größere Ähnlichkeit mit anderen bist dato charakterisierten Viren, weder auf Nukleotid- oder Proteinebene (in der Genomik respektive Proteomik), obwohl es in der ViPTree-Analyse eine weitläufig Klade mit anderen Viren methanogener Archaeen bildet.[2][3] Aufgrund dieser Ergebnisse ist eine taxonomische Zuordnung in die Klasse Caudoviricetes der Viren mit Kopf-Schwanz-Aufbau gerechtfertigt.[2][3]

Die Zugehörigkeit zu den Caudoviricetes und ihre Archaeenwirte klassifizieren die Speroviridae nicht-taxonomisch als arTVs (archaeal tailed viruses).

Der Wirt wurde am INRAE mit Hilfe verschiedener bioinformatischer Tools sowie der Stabilisotopensondierung (stable isotope probing, SIP) bestimmt. Methanobacterium ist eine Gattung hyperthermophiler Methanbildner der Tiefsee (Euryarchaeota).[2][3]

Die Systematik der Speroviridae gemäß International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) – mit Ergänzung nach der GenBank des National Center for Biotechnology Information (NCBI) – ist wie folgt (Stand 29. Februar 2024):[4][2][5]

Familie Speroviridae

• Gattung Glazvirus
  • Spezies Glazvirus inraei
    • Stamm Methanobacterium-Virus C158 (Genomlänge 42.490 bp)[2]

• Der Name der Familie Speroviridae ist abgeleitet von lateinisch spero ‚Hoffnung‘, ‚ich hoffe‘ und spielt an auf die Farbe der Hoffnung grün, denn grün ist auch die Farbe der F420-Autofluoreszenz der methanogenen Archaeen, die vom Methanobacterium-Virus C158 parasitiert werden; gefolgt vom Suffix ‚-viridae‘ für Virusfamilien.[1][2]

• Der Name der Gattung Glazvirus stammt von bretonisch glaz ‚grün‘, ‚blaugrün‘ und verweist ebenfalls auf die Farbe der Autofluoreszenz.[2]
  • Das Art-Epitheton inraei ist der Genitiv latinisiert von INRAE, der Abkürzung von Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, dem Institut, an dem das Virus C158 als Referenzstamm dieser Art entdeckt wurde.[2]

1. ICTV: Family: Speroviridae. 2022 Release, MSL #38.
2. Mart Krupovic, Claire Geslin, Ruth A. Schmitz, Ariane Bize: Create 3 new families for classification of viruses infecting methanogenic archaea (zip:docx). Vorschlag 2022.004A vom Oktober 2021.
3. Vuong Quoc Hoang Ngo, François Enault, Cédric Midoux, Mahendra Mariadassou, Olivier Chapleur, Laurent Mazéas, Valentin Loux, Théodore Bouchez, Mart Krupovic, Ariane Bize: Diversity of novel archaeal viruses infecting methanogens discovered through coupling of stable isotope probing and metagenomics. In: Applied Microbiology International : Applied Microbiology, Band 24, Nr. 10, Thematic Issue on Pathogen and Antimicrobial Resistance Ecology, Oktober 2022, S. 4853​-4868; doi:10.1111/1462-2920.16120, PMID 35848130, PMC 9796341 (freier Volltext), ResearchGate:362069731, sfam HAL:03727436 (PDF; 6,1 MB), Epub 18. Juli 2022 (englisch).
4. ICTV: Taxonomy Browser.
5. NCBI Nucleotide: OX365879.1: uncultured Methanobacterium virus C158, complete genome. Bioproject: PRJEB46489. Viruses of methanogenic archaea in anaerobic digestion reactors.