Peak Counting Score

Gegeben seien:

• SA: Das Massenspektrum A als Peakliste
• SB: Das Massenspektrum B als Peakliste
• δ: Ein Schwellenwert, der angibt, unterhalb welcher Massendifferenz 2 Peaks als ähnlich gelten sollen
• ε: Der leere Peak ( Falls ein Peak nur in einem Spektrum vorkommt, steht ε für die Stelle im anderen Spektrum )

${\displaystyle pcs(S_{A},S_{B})=\sum _{\rm {i\,{\ddot {a}}hnlich\,j}}score(i,j)+\sum _{\text{i nicht in B}}score(i,{\rm {\varepsilon }})+\sum _{\text{j nicht in A}}score({\rm {\varepsilon }},j)}$

${\displaystyle score(i,j)={\begin{cases}1,&{\text{wenn }}\left|masse(i)-masse(j)\right|\leq {\rm {\delta }}\\0,&{\text{sonst}}\end{cases}}}$

${\displaystyle score(i,{\rm {\varepsilon }})=score({\rm {\varepsilon }},j)=0}$

• SA = { 10,20,30,50 }
• SB = { 22,30,45,53 }
• δ = 4

Das Alignment wäre in diesem Fall:

Die Wertepaare 20 und 22, 30 und 30 bzw. 50 und 53 werden als Treffer (Match) eingestuft, da ihre Differenzbeträge kleiner gleich δ = 4 sind.

Der PCS wäre demnach hier: ${\displaystyle {\begin{aligned}pcs(S_{A},S_{B})&=score(10,{\rm {\varepsilon }})+score(20,22)+score(30,30)+score({\rm {\varepsilon }},45)+score(50,53)\\&=0+1+1+0+1\\&=3\end{aligned}}}$

• Fachartikel zum Thema Informatische Methoden zur Protein-Identifikation
• Folien zum Thema (PDF-Datei; 373 kB)