Oligonukleotide

Oligonukleotide (von griechisch oligo ‚wenige‘) sind aus wenigen Nukleotiden (DNA oder RNA) aufgebaute Oligomere (mit Suffix -mer von gr. meros ‚Teil‘, ‚Gebiet‘). Man spricht daher beispielsweise bei 25 Nukleotidsequenzen (nt) von einem 25-mer. Ein weiteres Beispiel: Die Haarnadelstruktur des Genoms der Viren des Phylums Cressdnaviricota (englisch stem loop) enthält ein hochkonserviertes Nonanukleotid (9 nt).

Für viele der Anwendungen besteht die Nukleotidsequenz zwischen 15 und 30 Nukleotideinheiten (entsprechend einem 15-mer bis 30-mer).

Eingesetzt werden Oligonukleotide als

Primer für die Polymerase-Kettenreaktion (PCR)
Sonden bei der Real Time Quantitative PCR
Primer für die DNA-Sequenzierung
Primer für die cDNA-Synthese
Primer für das Random Priming
Bausteine für das Vectordesign
Bausteine für die künstliche Gensynthese
Antisense-Oligonukleotide
Oligonukleotid DNA-Fingerprinting
Oligonukleotidsonde
Oligonukleotid-Chip
Mutagenese-Kassette oder Primer in der Oligonukleotidvermittelten Mutagenese (englisch oligonucleotide mediated mutagenesis)[1]
Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)

Aptamere (von lateinisch aptus ‚passen‘) sind Oligonukleotide, die ein spezifisches Molekül über ihre 3D-Struktur binden können. Verschiedene Oligonukleotide werden als Arzneistoffe verwendet.[2]

Synthese

Die Oligonukleotide werden nach der Phosphoramidit-Methode an fester Phase (Festphasensynthese) synthetisiert. Bei der Synthese besteht die Möglichkeit Modifizierungen wie Fluoreszenzmarkierungen einzubauen.

Siehe auch

Polynukleotid

Einzelnachweise

Laborjournal: Zielgerichtete Mutagenese, Teil I. Abgerufen am 15. September 2020., Teil II. Abgerufen am 15. September 2020., Teil III. Abgerufen am 15. September 2020..
M. Egli, M. Manoharan: Chemistry, structure and function of approved oligonucleotide therapeutics. In: Nucleic acids research. Band 51, Nummer 6, April 2023, S. 2529–2573, doi:10.1093/nar/gkad067, PMID 36881759, PMC 1008571 (freier Volltext).

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[1] Laborjournal: Zielgerichtete Mutagenese, Teil I. Abgerufen am 15. September 2020., Teil II. Abgerufen am 15. September 2020., Teil III. Abgerufen am 15. September 2020..

[2] M. Egli, M. Manoharan: Chemistry, structure and function of approved oligonucleotide therapeutics. In: Nucleic acids research. Band 51, Nummer 6, April 2023, S. 2529–2573, doi:10.1093/nar/gkad067, PMID 36881759, PMC 1008571 (freier Volltext).