NFDI4Microbiota

NFDI4Microbiota ist ein Konsortium in der Nationalen Forschungsdateninfrastruktur (NFDI), das sich mit Forschungsdaten aus der Mikrobiologie (z. B. Bakteriologie, Protozoologie, Mykologie und Parasitologie) beschäftigt.

Nationale Forschungsdateninfrastruktur für Mikrobiota-Forschung (Lebenswissenschaften)
(NFDI4Microbiota)
Logo
Rechtsform Konsortium in Nationale Forschungsdateninfrastruktur (NFDI) e.V.
Gründung 1. Oktober 2021 in Köln
Sitz Köln, Deutschland Deutschland
Vorsitz Konrad Förstner, Alice McHardy
Website https://nfdi4microbiota.de

Ziele

NFDI4Microbiota unterstützt die mikrobiologische Forschungsgemeinschaft, indem es Zugang zu Daten, Analyseservices, Daten- und Metadatastandards bietet. Ziel ist es, Forschern zu ermöglichen, existierende Forschungsdaten in ein tiefes Verständnis mikrobieller Arten umzuwandeln.[1]

Auf Basis der FAIR-Prinzipien (findable, accessible, interoperable, reusable) soll ein angestrebter kultureller Wandel in der Mikrobiologie den offenen Zugang zu wissenschaftlichen Erkenntnissen ermöglichen. In diesem Zusammenhang ist eine weite Verbreitung von Forschungskompetenz wichtig und wird beispielsweise durch die Einführung von Data Stewards unterstützt.[2] Oft sind Daten zwar vorhanden, können aber nicht gefunden oder wiederverwendet werden, weil die notwendigen Informationen über diese Daten, also Metadaten, fehlen. Um dies zu ändern, fördert NFDI4Microbiota die Verwendung von Metadatastandards, indem es Beispiele für bewährte Verfahren hervorhebt, fehlende Standards ergänzt und die Nutzung der bestehenden Standards vereinfacht.[3] Damit Forscher datenintensive Analysen unabhängig von ihren lokalen IT-Einrichtungen durchführen können, stellt NFDI4Microbiota Computer-, Ressourcen- und Speicherlösungen bereit. Dabei wird NFDI4Microbiota von de.NBI (Deutsches Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur) und ARUNA Object Storage unterstützt.[4][5]

Zur Vermittlung von Datenkompetenz werden unter anderem Kurse über Forschungsdatenmanagement, Genomik, Bioinformatik, Workflows, und Infrastruktur angeboten.[6] So wurde beispielsweise in Kooperation zwischen NFDI4Microbiota und NFDI4Health ein Online-Training-Workshop zum Forschungsdatenmanagement in der (Bio)Medizin veröffentlicht.[7]

Einen Überblick über die angebotenen Services, Best-practice-Beispiele und Tipps bezüglich Forschungsmanagement bietet die Knowledge Base, die im Rahmen eines von de.NBI organisierten Biohackathons erweitert wurde.[8] Gemeinsam mit NFDI4Earth und NFDI4Biodiversity führte NFDI4Microbiota den Cross-Consortia-Hackathon DataXPlorers durch, bei dem hauptsächlich Doktoranden und Postdocs teilgenommen haben.[9]

Aufgabenbereiche

NFDI4Micriobiota besteht aus fünf Aufgabenbereichen:

  • Community, Networking und Training
  • Standards und Richtlinien
  • Services
  • Technische Infrastruktur
  • Koordination und Kommunikation

Geschichte

Am 15. August 2020 reichte das ZB-MED - Informationszentrum Lebenswissenschaften als antragstellende Institution die verbindliche Voranmeldung (Letter of Intent) bei der DFG-Geschäftsstelle ein.[10] Am 2. Juli 2021 bewilligte die Gemeinsame Wissenschaftskonferenz (GWK), die Förderung des Vorhabens NFDI4Microbiota zusammen mit neun weiteren Konsortien in der zweiten Antragsrunde.[11] Der Antrag ist in RIO Journal (Research Ideas and Outcomes) veröffentlicht.[12]

NFDI4Microbiota wird von mehreren Fachgesellschaften, wie der Vereinigung für Allgemeine und Angewandte Mikrobiologie (VAAM), unterstützt.[13] Zu NFDI4Microbiota gehören über 50 teilnehmende Institute.[14] NFDI4Microbiota wird vom antragstellenden Institut ZB MED gemeinsam mit dem am Antrag beteiligten Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung (HZI) geleitet.

Gemeinsam mit den lebenswissenschaftlichen Nationalen Infrastrukturen NFDI4Health und Deutsches Humangenom-Phänomarchiv (GHGA) unterstützte NFDI4Microbiota die Wissenschaftsrat-Veröffentlichung bezüglich „Digitalisierung und Datennutzung für Gesundheitsforschung und Versorgung“.[15]

Einzelnachweise
  1. NFDI4Microbiota erfolgreich in zweiter NFDI-Runde - DFG-Förderung für mikrobiologische Forschungsdateninfrastruktur. In: idw-online.de. Abgerufen am 22. Januar 2024.
  2. Lorenz Christian Reimer, Konrad U. Förstner, Jörg Overmann: Besser forschen durch offene und FAIRe Daten. In: BIOspektrum. Band 28, Nr. 2, März 2022, ISSN 0947-0867, S. 223–223, doi:10.1007/s12268-022-1725-6 (springer.com [abgerufen am 22. Januar 2024]).
  3. Alan R. Pacheco, Charlie Pauvert, Dileep Kishore, Daniel Segrè: Toward FAIR Representations of Microbial Interactions. In: mSystems. Band 7, Nr. 5, 26. Oktober 2022, ISSN 2379-5077, doi:10.1128/msystems.00659-22, PMID 36005399, PMC 9599284 (freier Volltext) – (asm.org [abgerufen am 22. Januar 2024]).
  4. Aruna Object Storage. In: Aruna Object Storage. Abgerufen am 22. Januar 2024.
  5. Peter Belmann: de.NBI Cloud Federation. Nr. 1. Bielefeld Juli 2022, S. 12–17.
  6. Barbara Götz, Kristin Sauerland, Eva Seidlmayer, Justine Vandendorpe, Alice McHardy, Konrad U. Förstner: NFDI4MICROBIOTA Enabling data-heavy research on microorganisms and their communities. Nr. 1. Bielefeld Juli 2022, S. 38–41.
  7. Online Training Workshop on Research Data Management in (Bio-)Medicine. In: Fachrepositorium Lebenswissenschaften. Abgerufen am 22. Januar 2024.
  8. Extending the NFDI4Microbiota Knowledge Base. In: de.NBI. 23. August 2022, abgerufen am 22. Januar 2024 (englisch).
  9. DataXplorers Hackathon. In: nfdi.de. August 2023, abgerufen am 22. Januar 2024 (englisch).
  10. NFDI4Microbiota - Letter of intent for the National Research Data Infrastructure (NFDI). In: dfg.de. 15. August 2020, abgerufen am 22. Januar 2024.
  11. Pressemitteilung - Förderung von zehn Konsortien der Nationalen Forschungsdateninfrastruktur (NFDI) beschlossen. In: gwk-bonn.de. April 2021, abgerufen am 22. Januar 2024.
  12. Konrad U. Förstner, Anke Becker, Jochen Blom, Peer Bork, Thomas Clavel, Marius Dieckmann, Alexander Goesmann, Barbara Götz, Thomas Gübitz, Franziska Hufsky, Sebastian Jünemann, Marie-Louise Körner, Manja Marz, Ulisses Nunes Da Rocha, Jörg Overmann, Alfred Pühler, Dietrich Rebholz-Schuhmann, Alexander Sczyrba, Jens Stoye, Justine Vandendorpe, Thea Van Rossum, Alice McHardy: NFDI4Microbiota – national research data infrastructure for microbiota research. In: Research Ideas and Outcomes. Band 9, 24. August 2023, ISSN 2367-7163, S. e110501, doi:10.3897/rio.9.e110501 (riojournal.com [abgerufen am 22. Januar 2024]).
  13. VAAM: Cooperations partner. Abgerufen am 22. Januar 2024.
  14. NFDI4Microbiota - Nationale Forschungsdateninfrastruktur für Mikrobiota-Forschung. In: DFG - GEPRIS. Abgerufen am 22. Januar 2024.
  15. Rückmeldung der lebenswissenschaftlichen Nationalen Forschungsdateninfrastrukturen NFDI4Health, GHGA und NFDI4Microbiota zu den Positionen und Empfehlungen des Wissenschaftsrats – Digitalisierung und Datennutzung für Gesundheitsforschung und Versorgung. In: Fachrepositorium Lebenswissenschaften:. Abgerufen am 22. Januar 2024.
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