Erik van Nimwegen

Erik van Nimwegen studierte Theoretische Physik an der Universität Amsterdam. Er promovierte am Santa Fe Institute (SFI) in Santa Fe, New Mexico, und bekam 1999 an der Fakultät für Biologie der Universität Utrecht den Doktortitel verliehen. Anschließend forschte Erik van Nimwegen als Postdoc ein weiteres Jahr lang am Santa Fe Institute sowie drei Jahre am Center of Studies in Physics and Biology der Rockefeller University, New York. 2003 wurde Erik van Nimwegen als Professor für Bioinformatik ans Biozentrum der Universität Basel[1] berufen. Seit 2004 ist er zudem Gruppenleiter am Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Basel.[2]

Erik van Nimwegen erforscht die Evolution des Genoms sowie die Funktion und Evolution von Regulationsnetzwerken, mit denen Zellen die Genexpression steuern.[3] Er entwickelt mathematische Modelle, um die Entwicklung und Funktionsweise der regulatorischen Netzwerke zu analysieren, und konzipiert Computermethoden, mit deren Hilfe sich solche Netzwerke auf Basis umfangreicher biologischer Daten-Sets rekonstruieren lassen.

Van Nimwegens Forschung befasst sich mit einem allgemeinen Evolutionsmodell zur Robustheit des Genoms gegenüber Mutationen sowie der Identifizierung universeller Skalengesetze der Genomevolution. Weitere Forschungsschwerpunkte sind die Entwicklung der allgemeinen bayesschen Methoden zur Vorhersage von Transkriptionsfaktor- und miRNA-Bindungsstellen sowie die Entwicklung von Modellen zur Ableitung regulatorischer Netzwerke aus genomweiten Expressionsdaten und Daten des Chromatinzustands.[4]

Seit 2010 Mitglied der Redaktion des PLoS Computational Biology Journals.[5]

Vollständige Publikationsliste[6]

• E. van Nimwegen, J. P. Crutchfield, M. Huynen: Neutral evolution of mutational robustness. In: Proceedings of the National Academy of Sciences. Band 96, Nr. 17, 17. August 1999, S. 9716–9720, PMID 10449760
• E. van Nimwegen: Scaling laws in the functional content of genomes. In: Trends Genet. Band 19, Nr. 9, September 2003, S. 479–484, PMID 12957540
• R. Siddharthan, E. D. Siggia, E. van Nimwegen: PhyloGibbs: a Gibbs sampling motif finder that incorporates phylogeny. In: PLoS Comput Biol. Band 1, Nr. 7, Dezember 2005, e67, Epub 2005 Dec 9. PMID 16477324
• L. Burger, E. van Nimwegen:. Accurate prediction of protein-protein interactions from sequence alignments using a Bayesian method. In: Mol Syst Biol. Band 4, 2008, S. 165, doi:10.1038/msb4100203, Epub 2008 Feb 12, PMID 18277381
• FANTOM Consortium: H. Suzuki, A. R Forrest, E. van Nimwegen u. a.: The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line. In: Nat Genet. Band 41, Nr. 5, Mai 2009, S. 553–562, doi:10.1038/ng.375, Epub 2009 Apr 19, PMID 19377474

• Forschungsgruppe Erik van Nimwegen am Biozentrum der Universität Basel. Abgerufen am 18. Juni 2014

1. Curriculum Vitae biozentrum.unibas.ch, abgerufen am 20. Mai 2014
2. SIB Group Erik van Nimwegen isb-sib.ch, abgerufen am 20. Mai 2014
3. ISMARA: Automated modeling of genomic signals as a democracy of regulatory motifs genome.cshlp.org, abgerufen am 20. Mai 2014
4. Neues biophysikalisches Modell prognostiziert Regulation durch microRNAs. Universität Basel, 31. Januar 2013, abgerufen am 10. April 2023.
5. PLOS Computational Biology Editorial Board ploscompbiol.org, abgerufen am 20. Mai 2014
6. Vollständige Publikationsliste (Memento des Originals vom 21. Mai 2014 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/www.biozentrum.unibas.ch Biozentrum.unibas.ch, abgerufen am 20. Mai 2014