Ct-Wert

Der Ct-Wert (engl. cycle threshold, kurz C_t) ist in der Molekularbiologie die Zahl der Zyklen bei einer Realtime-PCR, die nötig sind, um einen vorher definierten Grenzwert im Messsignal (z. B. einem Fluoreszenzsignal) der amplifizierten DNA zu überschreiten. Je mehr DNA (RNA) in einer Probenlösung vor der PCR schon vorlag, desto weniger Amplifikationszyklen sind nötig, um den entsprechenden Schwellenwert zu erreichen.[1] Bei konstanten Reaktionsbedingungen lässt sich aus diesem Wert auf die Menge der anfänglich vorhandenen DNA (RNA) rückschließen, weshalb er zur Quantifizierung entsprechender Konzentrationen eingesetzt wird. Bei Studien zur Genexpression kann die Kopienanzahl absolut oder relativ gegen ein internes Kontrollgen vermessen werden.[2]

Signal aufgetragen über den Zyklen. Wenn der Grenzwert (gestrichelt) überschritten wird, kann C_t bestimmt werden.

Die Konstanz der Reaktionsbedingungen ist nur im Idealfall gegeben und hängt im Allgemeinen von diversen äußeren Faktoren ab (Reaktionseffizienz, Effizienz der Spaltung oder Hybridisierung, Empfindlichkeit des jeweiligen Tests).[3] Selbst geringe Abweichungen in der PCR-Effizienz können das Ergebnis stark beeinflussen.[4]

Einzelnachweise

Hans D. Bruhn: LaborMedizin: Indikationen, Methodik und Laborwerte; Pathophysiologie und Klinik. Schattauer Verlag, 2008, ISBN 978-3-7945-2550-8, S. 117.
Thomas D. Schmittgen, Kenneth J. Livak: Analyzing real-time PCR data by the comparative CT method. In: Nature Protocols. Band 3, Nr. 6, 2008, ISSN 1750-2799, S. 1101–1108, doi:10.1038/nprot.2008.73.
Ulrich Busch: Molekularbiologische Methoden in der Lebensmittelanalytik: Grundlegende Methoden und Anwendungen. Springer-Verlag, 2010, ISBN 978-3-642-10716-0, S. 41, doi:10.1007/978-3-642-10716-0_4.
Christian Ramakers, Jan M Ruijter, Ronald H. Lekanne Deprez, Antoon F. M Moorman: Assumption-free analysis of quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) data. In: Neuroscience Letters. Band 339, Nr. 1, 2003, ISSN 0304-3940, S. 62–66, doi:10.1016/S0304-3940(02)01423-4.

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[1] Hans D. Bruhn: LaborMedizin: Indikationen, Methodik und Laborwerte; Pathophysiologie und Klinik. Schattauer Verlag, 2008, ISBN 978-3-7945-2550-8, S. 117.

[2] Thomas D. Schmittgen, Kenneth J. Livak: Analyzing real-time PCR data by the comparative CT method. In: Nature Protocols. Band 3, Nr. 6, 2008, ISSN 1750-2799, S. 1101–1108, doi:10.1038/nprot.2008.73.

[Busch-3] Ulrich Busch: Molekularbiologische Methoden in der Lebensmittelanalytik: Grundlegende Methoden und Anwendungen. Springer-Verlag, 2010, ISBN 978-3-642-10716-0, S. 41, doi:10.1007/978-3-642-10716-0_4.

[4] Christian Ramakers, Jan M Ruijter, Ronald H. Lekanne Deprez, Antoon F. M Moorman: Assumption-free analysis of quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) data. In: Neuroscience Letters. Band 339, Nr. 1, 2003, ISSN 0304-3940, S. 62–66, doi:10.1016/S0304-3940(02)01423-4.