Avogadro (Moleküleditor)

Avogadro
Basisdaten
Aktuelle Version	1.2.0[1] ; (15. Juni 2016)
Betriebssystem	Linux, Microsoft Windows, macOS, Unix-ähnliches System
Programmiersprache	C++
Kategorie	Molekulardesign
Lizenz	GPL v2 und weitere
deutschsprachig	ja
	avogadro.cc

Avogadro ist ein Programm zum Editieren und Visualisieren von Molekülen. Es ist plattformunabhängig für die Anwendung in der Computerchemie, der molekularen Modellierung, der Bioinformatik, den Materialwissenschaften und verwandten Gebieten entwickelt worden. Durch eine Plug-in-Architektur lässt es sich erweitern. Der Quelltext untersteht der GNU General Public License (GPL) Version 2 und weiteren freien Lizenzen.

Funktionen

Standardmäßig wird die Chemical Markup Language als Dateiformat verwendet. Unter Verwendung von OpenBabel sind zahlreiche weitere Formate möglich. Avogadro ist sowohl eine grafische Oberfläche mit Hilfe der Qt-Bibliothek als auch eine Programmierschnittstelle. Erweiterungen inklusive des Renderings, interaktiven Werkzeugen, Befehlen können in Form von Python-Skripten oder C++ implementiert werden. Es integriert Unterstützung für PubChem und die Protein Data Bank. In späteren Versionen wurde Unterstützung für Kristallstrukturen hinzugefügt.[2]

Die Bibliothek von Avogadro ist in Kalzium integriert. Das Projekt steht unter der Schirmherrschaft von Blue Obelisk.[3]

Weblinks

Projektübersicht zu avogadro bei SourceForge
Avogadro auf GitHub

Einzelnachweise

Avogadro 1.2.0.
Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek: Avogadro: an advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. In: Journal of Cheminformatics. Band 4, Nr. 1, Dezember 2012, ISSN 1758-2946, S. 17, doi:10.1186/1758-2946-4-17, PMID 22889332, PMC 3542060 (freier Volltext).
Noel M. O’Boyle, Rajarshi Guha, Egon L. Willighagen, Samuel E. Adams, Jonathan Alvarsson, Jean-Claude Bradley, Igor V. Filippov, Robert M. Hanson, Marcus D. Hanwell, Geoffrey R. Hutchison, Craig A. James, Nina Jeliazkova, Andrew SID Lang, Karol M. Langner, David C. Lonie, Daniel M. Lowe, Jérôme Pansanel, Dmitry Pavlov, Ola Spjuth, Christoph Steinbeck, Adam L. Tenderholt, Kevin J. Theisen, Peter Murray-Rust: Open Data, Open Source and Open Standards in chemistry: The Blue Obelisk five years on. In: Journal of Cheminformatics. Band 3, Nr. 1, 2011, ISSN 1758-2946, S. 37, doi:10.1186/1758-2946-3-37, PMID 21999342.

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[_6f8a9f83fa4f0e9d-1] Avogadro 1.2.0.

[2] Marcus D Hanwell, Donald E Curtis, David C Lonie, Tim Vandermeersch, Eva Zurek: Avogadro: an advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. In: Journal of Cheminformatics. Band 4, Nr. 1, Dezember 2012, ISSN 1758-2946, S. 17, doi:10.1186/1758-2946-4-17, PMID 22889332, PMC 3542060 (freier Volltext).

[3] Noel M. O’Boyle, Rajarshi Guha, Egon L. Willighagen, Samuel E. Adams, Jonathan Alvarsson, Jean-Claude Bradley, Igor V. Filippov, Robert M. Hanson, Marcus D. Hanwell, Geoffrey R. Hutchison, Craig A. James, Nina Jeliazkova, Andrew SID Lang, Karol M. Langner, David C. Lonie, Daniel M. Lowe, Jérôme Pansanel, Dmitry Pavlov, Ola Spjuth, Christoph Steinbeck, Adam L. Tenderholt, Kevin J. Theisen, Peter Murray-Rust: Open Data, Open Source and Open Standards in chemistry: The Blue Obelisk five years on. In: Journal of Cheminformatics. Band 3, Nr. 1, 2011, ISSN 1758-2946, S. 37, doi:10.1186/1758-2946-3-37, PMID 21999342.