Adintoviridae

Im Jahr 2020 hatten metagenomische Untersuchungen bei Tieren eine neue Gruppe mittelgroßer DNA-Viren aufgedeckt, die ähnliche Merkmale wie die bereits bekannten Viren aus dem Reich Bamfordvirae aufwiesen: Ihr Genom kodiert ebenfalls für ein Homolog zu bekannten Hauptkapsidproteinen (englisch major capsid proteins, MCPs) mit DJR-Faltung (en. double jelly roll fold-Struktur). Darüber hinaus kodieren diese Viren neben den Genen für die Typ-B-DNA-Polymerase und eine rve-Integrase[4] (Retrovirus-ähnliche Integrase), wie sie in die in Polintons zu finden sind, sowie für eine Protease für die Reifung der Virionen (Viruspartikel), die denen der Adenoviridae (Adenoviren) ähnelt. Im Übrigen scheint auch die Entwicklung der Adenoviren (Adenoviridae) und Bidnaviren (Bidnaviridae), sowie von Virophagen (Familie Lavidaviridae) von Polintons ausgegangen zu sein.[5][6][7]

Daher hatten Tisza und Kollegen 2020 vorgeschlagen, für die neuen „Adintoviren“ genannten Funde eine neue Klasse mit Namen Polintoviricetes innerhalb des bestehenden Phylums Preplasmiviricota zu schaffen. Das ICTV hat diesen Vorschlag dann 2021 offiziell bestätigt.[1][3]

Der Name der neuen Klasse, Polintoviricetes, soll an die anfängliche Identifizierung der Adintoviren als Transposons vom Polinton-Typ erinnern.[3]

Der Name der Familie, Adintoviridae, ist eine Zusammenziehung aus Adenoviridae (da zu den Adenoviren eine gewisse Ähnlichkeit besteht) und Polinton (wegen der Typ-B-DNA-Polymerase, die sie von den Adenoviren unterscheidet).[7]

Die Analyse des Geninhalts der Adintoviren deutete auf die Existenz zweier Kladen hin, die einen Gattungsrang verdienen. Sie haben in ihren PolB-Proteinen weniger als 40 % Aminosäure-Ähnlichkeit (im Proteom, dem translatierten Genom). Daneben fand sich eine dritte Gruppe, die Resultat einer Chimerisierung (Bildung einer rekombinanten Genoms) zwischen den beiden Kladen bzw. Gattungen sein könnte.[3] Genomkarten finden sich bei Starret, Tisza et al. (2020).[7]

Die nach diesem Vorschlag neu geschaffene Familie enthält damit die beiden folgenden Gattungen, die jeweils eine Art enthalten (die Artnamen der Adintoviren geben die Gattung des Wirtstieres an, mit dem sie zuerst in Verbindung gebracht – „assoziiert“ – wurden); die offenbar chimäre dritte Gruppe ist in diesem Stand noch nicht klassifiziert:[2][1][3]

Familie: Adintoviridae

• Gattung: Alphadintovirus

• Spezies: Alphadintovirus mayetiola

• Gattung Betadintovirus

• Spezies Betadintovirus terrapene

• ohne Gattungszuordnung: „chimäre Addintoviren“

Das National Center for Biotechnology Information (NCBI) ist derzeit der neuen durch das ICTV vorgegebenen Gliederung noch nicht gefolgt. Die dort gelisteten „Spezies“ sind eher als Virusstämme zu verstehen; insbesondere findet man dort die Referenzstämme der offiziellen Spezies. Weitere Stämme dürften ebenfalls den als Spezies ICTV-bestätigten Kladen zuzuordnen sein, aber auch der bisher noch nicht klassifizierten chimären Klade angehören. Eine Zuordnung zu den Spezies/Kladen (mit weiteren Vertretern) findet sich bei Starret, Tisza et al. (2020).[7] Insgesamt ergibt sich nach diesen Autoren und NCBI derzeit (15. Juni 2021):[8]

• Gattung Alphadintovirus

• Spezies Alphadintovirus mayetiola mit Mayetiola barley midge adintovirus
• Spezies „Bos-associated insect adintovirus“ (syn. „Bos-associated insect adintovirus 1“)
• Spezies „Bos-associated insect adintovirus 2“
• Spezies „Branchiostoma lancelet adintovirus“
• Spezies „Corynactis coral adintovirus“
• Spezies „Hydra adintovirus“
• Spezies „Ladona dragonfly adintovirus“
• Spezies „Megastigmus wasp adintovirus“
• Spezies „Mytilus Mediterranean mussel adintovirus“
• Spezies „Nephila orb-weaver spider adintovirus“
• Spezies „Orchesella springtail adintovirus“
• Spezies „Parasteatoda house spider adintovirus“
• weitere nicht in der NCBI-Taxonomie gelistete Vertreter:

• Caenorhabditis roundworm adintovirus (nicht bei NCBI)
• Cotesia braconid wasp bracovirus circle 31 (nicht bei NCBI)
• Diachasma braconid wasp adintovirus (nicht bei NCBI)
• Olea-associated insect adintovirus 2 (nicht bei NCBI)
• Spodoptera moth adintovirus 1 (nicht bei NCBI)
• Spodoptera moth adintovirus 2 (nicht bei NCBI)
• Stylophora coral adintovirus (nicht bei NCBI)
• Trichoplusia moth endogenized adintovirus 1 (nicht bei NCBI)
• Trichoplusia moth endogenized adintovirus 2 (nicht bei NCBI)

• Gattung Betadintovirus

• Spezies Betadintovirus terrapene mit Terrapene box turtle adintovirus
• Spezies „Astyanax tetra cavefish adintovirus“
• Spezies „Larimichthys croaker adintovirus“
• Spezies „Pimephales minnow adintovirus“
• Spezies „Rhodactis coral adintovirus“
• Spezies „Spodoptera moth adintovirus 1“
• Spezies „Spodoptera moth adintovirus 2“
• Spezies „Strongylocentrotus sea urchin adintovirus“
• Spezies „Stylophora coral adintovirus“
• weitere nicht in der NCBI-Taxonomie gelistete Vertreter:

• Crocodylus saltwater crocodile endogenized adintovirus (nicht bei NCBI)
• Eucidaris sea urchin adintovirus (nicht bei NCBI)
• Human endogenized adintovirus relic (nicht bei NCBI – siehe Provirus)
• Olea-associated insect adintovirus 1 (nicht bei NCBI)
• Oncorhynchus salmon adintovirus (nicht bei NCBI)
• Pinctada pearl oyster adintovirus (nicht bei NCBI)
• Steinernema roundworm adintovirus (nicht bei NCBI)

• von beiden Gattungen abweichend/chimär/ohne Zuordnung aus der NCBI-Taxonomie:

• Spezies „Drosophila-associated adintovirus 2“
• Spezies „Drosophila-associated adintovirus 3“
• Spezies „Monosiga MELD virus 1“
• Spezies „Monosiga MELD virus 2“
• ?Spezies „Bovine rumen MELD virus“ mit Isolat 4424[9][10]
• ?Spezies „Sheep rumen MELD virus“ mit Isolat 2431[11][10]

Anmerkungen:

• vom ICTV nicht bestätigte (vorgeschlagene) Spezies sind in Anführungszeichen gesetzt
• MELD ist das Akronym für Midsize Eukaryotic Linear dsDNA, eine (per se) nicht-taxonomische Klassifizierung.[7]

1. ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
2. Virus Taxonomy: 2020 Release. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), März 2021, abgerufen am 22. Mai 2021.
3. M. J. Tisza, G. J. Starrett, C. BN. Buck: Create one new class (Polintoviricetes), one new order (Orthopolintovirales), one new family (Adintoviridae), two genera and two species in the phylum Preplasmiviricota Proposal 2020.003D (zip: docx, xlsx), 24. November 2020. Alternativ: 2020.003D.R.Adintoviridae (Memento des Originals vom 16. April 2021 im Internet Archive)  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/talk.ictvonline.org, Approved Proposals > Animal DNA Viruses and Retroviruses
4. NCBI: Conserved Protein Domain Family: rve Superfamily.
5. Eugene V. Koonin, Natalya Yutin: Evolution of the Large Nucleocytoplasmatic DNA Viruses of Eukaryotes and Convergent Origins of Viral Gigantism. In: Advances in Virus research, Band 103, 21. Januar 2019, S. 167–202; doi:10.1016/bs.aivir.2018.09.002.
6. Eugene V. Koonin, Valerian V. Dolja, Mart Krupovic: Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity. In: Virology, Mai 2015, S. 479–480. 2–25, Epub 12. März 2015; doi:10.1016/j.virol.2015.02.039 , PMC 5898234 (freier Volltext), PMID 25771806.
7. Gabriel J. Starrett, Michael J. Tisza, Nicole L. Welch, Anna K. Belford, Alberto Peretti, Diana V. Pastrana, Christopher B. Buck: Adintoviruses: A Proposed Animal-Tropic Family of Midsize Eukaryotic Linear dsDNA (MELD) Viruses, in: Virus Evolution, veaa055, 1. Oktober 2020, doi:10.1093/ve/veaa055, PDF.
8. NCBI: Adintoviridae (family)
9. NCBI Taxonomy Browser: Bovine rumen MELD virus (species); Nucleotide: TPA_asm: Bovine rumen MELD virus isolate 4424, complete genome.
10. Gabriel J. Starrett, Michael J Tisza l, Nicole L. Welch, Anna K. Belford, Alberto Peretti, Diana V. Pastrana, Christopher B. Buck: Adintoviruses: a proposed animal-tropic family of midsize eukaryotic linear dsDNA (MELD) viruses. In: Virus Evolution, Band 7, Nr. 1, Januar/Oktober 2021, veaa055; doi:10.1093/ve/veaa055, PMID 34646575, PMC 8502044 (freier Volltext) (englisch).
11. NCBI Taxonomy Browser: Sheep rumen MELD virus (species); Nucleotide: TPA_asm: Sheep rumen MELD virus isolate 2431, complete genome.

• Gabriel J. Starrett, Michael J. Tisza, Nicole L. Welch, Anna K. Belford, Alberto Peretti, Diana V. Pastrana, Christopher B. Buck: Adintoviruses: A Proposed Animal-Tropic Family of Midsize Eukaryotic Linear dsDNA (MELD) Viruses. In: Virus Evolution, 1. Oktober 2020, veaa055; doi:10.1093/ve/veaa055, PDF (englisch).