Апо́стальская прэфекту́ра — тэрытарыяльная адзінка ў Рымска-каталіцкай царквы, прыраўнаваная да дыяцэзіі. Апостальская прэфектура ўсталёўваецца на місіянерскіх тэрыторыях, дзе пакуль не можа быць сфарміравана паўнавартасная дыяцэзія і з'яўляецца часовай структурай. Як правіла, развіццё тэрытарыяльнай адзінкі на місіянерскай тэрыторыі ідзе па схеме:
Місія sui iuris — Апостальская прэфектура — Апостальскі вікарыят — Епархія.
Пасля стварэння паўнавартаснай епархіі тэрыторыя страчвае статус місіянерскай.
Апостальскім прэфектам, як правіла, прызначаецца святар, зрэдку тытулярны біскуп. Пры павышэнні статусу апостальскай прэфектуры да апостальскага вікарыята на чале ў абавязковым парадку становіцца біскуп.
Паводле даных на май 2011 года ў Каталіцкай царкве існуе 38 апостальскіх прэфектур, усё лацінскага абраду, 29 з іх знаходзяцца ў Кітаі.