كلوستال

كلوستال (بالإنجليزية: Clustal)‏، هو برنامج حاسوبي يستخدم بكثرة لمحاذاة التسلسلات المتعددة، وأحدث إصدار له هو 2.1،[1] وهناك اختلافان رئيسيان في هذا البرنامج فيما يتعلق بالواجهة:

  • كلوستال دبليو (ClustalW): الواجهة تعتمد على كتابة الأوامر.
  • كلوستال اكس (ClustalX): واجهة المستخدم لهذا الإصدار رسومية (واجهة مستخدم رسومية)،[2] ويمكن استخدامه في أنظمة التشغيل المختلفة مثل ويندوز (Windows) وأبل ماك (IOS) ويونيكس/لينكس (Unix).

هذا البرنامج متوفرعلى الصفحة الرئيسية لكلوستال أو ملقم FTP g لمعهد الأوربي لعلم تقنيات المعلومات الحيوي .

معلومات

يستخدم الموقع في التطبيقات الحاسوبية (bioinformatics), بحيث إذا كنت تمتلك العديد من السلاسل الجينية التي تحتوي على مواقع متداخلة في ما بينها يقوم بتحديد المناطق المتشابهة بين العديد من السلاسل الجينية. تم إنشاء هذا الموقع عام 1992 وتم تطوير هذا الموقع في عام 1994، وهو من أكثر المواقع المستخدمة في ترتيب العديد من السلاسل الجينية وذلك لأنه سريع ودقيق بما فيه الكفاية.

الإدخال والإخراج

يقبل هذا البرنامج صيغ إدخال مختلفة تشمل NBRF/PIR وفاستا و EMBL/Swissport وكلوستال و GCC/MSF و GCG9 RSF و GDE.

أما صيغ الإخراج فقد تشمل واحدة أو أكثر من الصيغ التالية: كلوستال أو NBRF/PIR أو GCG/MSF أو PHYLIP أو GDE أو NEXUS.

محاذاة التسلسل المتعدد

هناك ثلاث خطوات رئيسية:

  1. إنشاء محاذاة عشوائية.
  2. إنشاء شجرة المَحْتِد أو ما تعرف بشجرة التطور (أو استخدام شجرة عرّفها المستخدم).
  3. استخدام شجرة التطور لإكمال سلسلة المحاذاة.

كل ما ذكر يتم تلقائياً بمجرد اختيارك «إنشاء محاذاة كاملة»، وهناك خيارات أخرى وهي «إنشاء محاذاة من شجرة الدليل» و «إنشاء شجرة دليل فقط».

الإعداد

يستطيع المستخدمون محاذاة التسلسلات باستخدام الإعداد الافتراضي ولكن قد يكون من المفيد أحياناً تخصيص مدخلات المستخدم، والمدخلات الأساسية في توسيع المسافة وتمديدها.

انظر أيضاً
  • برمجيات محاذاة التسلسل
  • تي بن (T-Coffee)
  • محاذاة إم (Align-m)
  • ديالاين تي (DIALIGN-T)
  • ديالاين تي اكس (DIALIGN-TX)
  • جاليجنير (JAligner)
  • مافت (MAFFT)
  • مافيد (MAVID)
  • ماسل (MUSCLE)
  • بروبكونس (ProbCons)

المراجع
  1. Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007). "ClustalW and ClustalX version 2". Bioinformatics. ج. 23 ع. 21: 2947–2948. DOI:10.1093/bioinformatics/btm404. PMID:17846036.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين (link)
  2. Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG (1997). "The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools". Nucleic Acids Research. ج. 25 ع. 24: 4876–4882. DOI:10.1093/nar/25.24.4876. PMC:147148. PMID:9396791.{{استشهاد بدورية محكمة}}: صيانة الاستشهاد: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين (link)

وصلات خارجية
  • أيقونة بوابةبوابة برمجيات
  • أيقونة بوابةبوابة علم الأحياء الخلوي والجزيئي
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.