قائمة معلمات Y-STR
قائمة معلمات واي-إس تي آر list of Y-STR markers في تحليل الجينات وفي بحوث تعيين الدليل الجنائي وتعيين الأنسال يواسطة تحليل الدنا تستخدم معلّمات جينية تساعد الباحث على فحص الدنا البالغ الطول. كثيرا ما يستخدم كروموسوم واي لإجراء الفحص عليه، لهذا يذكر حرف Y في اسم المعلمات، وبالإضافة فإن STR هي اختصار لـ تكرار ترادفي قصير[1] (يحدث في الجينات والكروموسومات). كذلك تستخدم المعلمات في تحليل الجينات.
عندما بدأ الباحثون يبحثون في علم الجينات كانوا يستخدمون معلّمات ترشدهم سريعا إلى موضع معين على الكروموسوم، من تلك المعلمات: DYS454 وجد أنها قليلة التنوع بين الناس، وأما المعلمة DYS464 فهي كثيرة التنوع في الناس؛ هذا بالنسبة لفحوص أجروها على الكروموسوم واي.
أصبحت الآن توجد كثيرا من المعلمات الجينية التي تستخدم في فحوص الكروموسوم Y ، ونظرا لكثرتها فقد أعدت لها معلمات كثيرة أعطاها الباحثون أرقاما للتعريف بها، وهي معلمات تتعرف على مواقع كروموسومية معينة على الكروموسوم واي.
فمثلا الموقع على الكروموسوم واي Yp11.2 تحدده المعلمة DYS449 . والموقع (Yp11.2) على الكروموسوم Y معرّف كالآتي: كروموسوم Y ؛ p النصف القصير (للكروموسوم)، الحيز 1، الحيز التحتي 1، حيز تحت تحتي 2.[2]
للحصول على القائمة كاملة لمعلمات Y-STR كاملة، نلفت عنايتكم إلى تصفح الموقع Ymap من شجرة عائلة الدنا.
مختبرات التحليل الجنائي تستخدم في العادة المعلمات PowerPlex Y (لشركة Promega) و Yfiler (لشركة Applied Biosystems) وهي تستطيع فحص 12 وبالتالي 17 من المعلمات. أما مختبرات تحليل الجينات التي تجرى لشخص ما فهي تستخدم 442 من معلمات Y-STRs .
معدل الطفرات
يؤخذ معدل الطفرات على جيل واحد، وقد تم تعيينه في «تشاندلر 2006».[3] معدل الخطأ في التعيين بين +/- 15 إلى 20%. كما تستخدم أحيانا«قاعدة معلومات هابلوغروب (صبغي Y)» Y Chromosome Haplotype Reference Database.
ويبدو أن المعلمات ذات ثلاثة نوكليوتيدات يكون لها معدل طفرات أكثر على بعض الأطوال المتكررة عن غيرها. فمثلا، تغير النوكلوتيد الثلاثي DYS388 تكون في معظم الأحوال بطيئة في معظم الهابلوغروبات عندما تتخذ القيم 11-13 . ولكن يبدو ظهور تغيرات أكثر وطفرات أسرع تتم في هابلوغروب جي J (واي-دي إن إيه) حيث لها قيم بين 14-18. وبالمثل، فقد أظهر بحث على النوكليوتيد الثلاثي DYS392 أن معدل الطفرات فيه «سريعة» بالنسبة إلى هابلوغروب N (واي-دي إن إيه) وهابلوغروب Q (واي-دي إن إيه) حيث كل منهما له قيم بين 14-16، بينما الطفرات تكون قليلة في الهابلوغروبات الأخرى.[4]
المعلمات Y-STR
| STR | ملاحظات | مسلسلة دنا نموذج متكرر | أليل | معدل الطفرات | وصلات |
|---|---|---|---|---|---|
| DYS19 | see DYS394 | — | — | — | — |
| DYS385 | DYS385 هي معلمة متعددة الصور، وتشمل DYS385a و DYS385b. تسلسل DYS385a و DYS385b قد يكون معكوسا، ويعرف تسلسلها بـ"نظام كيتلر" Kittler order. | GAAA | 7 - 28 | 0.00226 | NIST fact sheet |
| DYS388 | ATT | 10-16 | 0.00022 [5] | ||
| DYS389 | DYS389 is a multi-copy marker, and includes DYS389i and DYS389ii. DYS389ii refers to the total length of DYS389. Therefore, when there is a one step mutation at DYS389i, it will also appear in DYS389ii. | (TCTG) (TCTA) (TCTG) (TCTA) | i:9-17
ii:24-34 |
0.00186, 0.00242 | NIST fact sheet |
| DYS390 | (TCTA) (TCTG) | 17-28 | 0.00311 | NIST fact sheet | |
| DYS391 | TCTA | 6-14 | 0.00265 | NIST fact sheet | |
| DYS392 | TAT | 6-17 | 0.00052 [5] | NIST fact sheet | |
| DYS393 | DYS393 is also known as DYS395. | AGAT | 9-17 | 0.00076 | NIST fact sheet |
| DYS394 | DYS394 is also known as DYS19. | TAGA | 10-19 | 0.00151 | NIST fact sheet |
| DYS413 | Found in the Palindromic region of the Y DNA | ||||
| DYS425 | DYS425, when it can be measured, is very stable. However it is actually one copy of a multiple part marker, DYF371 (below), and as such recLOH mutations can often make it unmeasurable when the other copies overwrite it. For example, it is associated with the defining SNP for I-M38 (I2a2a1a1; formerly I1b2a1), as the SNP M284 can render a null value at this marker. Most members of هابلوغروب إي E (واي-دي إن إيه) and sub-clades also render null values. Nevertheless, it was one of the small number of markers originally offered by Oxford Ancestors, and Family Tree DNA later chose to offer it to genealogists also. | TGT | 10-15 | [5] | |
| DYS426 | GTT | 10-12 | 0.00009 [5] | NIST fact sheet | |
| DYS434 | TAAT (CTAT) | 9-12 | NIST fact sheet | ||
| DYS435 | TGGA | 9-13 | |||
| DYS436 | GTT | 9-15 | [5] | ||
| DYS437 | TCTA | 13-17 | 0.00099 | NIST fact sheet | |
| DYS438 | TTTTC | 6-14 | 0.00055 | NIST fact sheet | |
| DYS439 | DYS439 is also known as Y-GATA-A4. DYS439 is associated with the defining SNP for haplogroup R1b1c9a, as the SNP can render a null value at this marker. | AGAT | 9-14 | 0.00477 | NIST fact sheet |
| DYS441 | CCTT | 12-18 | A novel multiplex PCR system | ||
| DYS442 | TATC | 10-14 | 0.00324 | A novel multiplex PCR system | |
| DYS443 | TTCC | 12-17 | |||
| DYS444 | TAGA | 11-15 | A novel multiplex PCR system | ||
| DYS445 | TTTA | 10-13 | A novel multiplex PCR system | ||
| DYS446 | TCTCT | 10-18 | Sorenson Marker Details | ||
| DYS447 | TAAWA | 22-29 | 0.00264 | NIST fact sheet | |
| DYS448 | AGAGAT | 17-24 | 0.00135 | NIST fact sheet | |
| DYS449 | TTTC | 26-36 | 0.00838 | Sorenson Marker Details | |
| DYS450 | TTTTA | 8-11 | |||
| DYS452 | YATAC | 27-33 | |||
| DYS453 | AAAT | 9-13 | |||
DYS454 |
DYS454 is the least varying Y-STR marker commonly used in genealogical DNA testing. Of the entries for DYS454 at Ybase, 96% have 11 repeats, 3% have 10 repeats, and 2% have 12 repeats (source). | AAAT | 10-12 | 0.00016 | |
| DYS455 | AAAT | 8-12 | 0.00016 | Sorenson Marker Details | |
| DYS456 | AGAT | 13-18 | 0.00735 | Sorenson Marker Details | |
| DYS458 | GAAA | 13-20 | 0.00814 | Sorenson Marker Details | |
| DYS459 | This is a multi-copy marker, and includes DYS459a and DYS459b. | TAAA | 7-10 | 0.00132 | |
| DYS460 | DYS460 was originally known as Y-GATA-A7.1. | ATAG | 7-12 | 0.00402 | NIST fact sheet |
| DYS461 | DYS461 was originally known as Y-GATA-A7.2. | (TAGA) CAGA | 8-14 | NIST fact sheet | |
| DYS462 | TATG | 8-14 | |||
| DYS463 | AARGG | 18-27 | |||
DYS464 |
DYS464 is a multi-copy palindromic marker. Men typically have four copies known in such cases as DYS464a, DYS464b, DYS464c, and DYS464d. There can be less than four copies, or more, which in such cases would be known as DYS464e, DYS464f, etc. DYS464 is the most diverse range of values of any Y-STR marker (source). This marker can also sometimes be typed with separate g-types and c-types to increase resolution. The type variance is based on a SNP that can be found in most R1b haplogroup males. It is part of the Palindromic region of Y DNA | CCTT | 9-20 | 0.00566 | Forensic value of the multicopy Y-STR marker DYS464 |
| DYS481 | CTT | 20-30 | [5] | ||
| DYS485 | TTA | 10-18 | [5] | ||
| DYS487 | ATT | 12-14 | [5] | ||
| DYS490 | TTA | 12-16 | [5] | ||
| DYS494 | TAT | 10 | [5] | ||
| DYS495 | AAT | 12-18 | [5] | ||
| DYS497 | TAT | 13-16 | [5] | ||
| DYS504 | |||||
| DYS505 | TCCT | 9-15 | |||
| DYS508 | TATC | 8-15 | |||
| DYS518 | AAAG | 32-49 | NIST Comm. Kits | ||
| DYS520 | ATAS | 18-26 | |||
| DYS522 | GATA | 8-17 | |||
| DYS525 | TAGA | 9-12 | |||
| DYS531 | AAAT | 11-13 | |||
| DYS532 | CTTT | 9-17 | |||
| DYS533 | ATCT | 9-14 | |||
| DYS534 | CTTT | 10-20 | |||
| DYS540 | TTAT | 10-13 | |||
| DYS549 | AGAT | 10-14 | |||
| DYS556 | AATA | 8-12 | |||
| DYS557 | TTTC | ||||
| DYS565 | TAAA | 9-14 | |||
| DYS570 | TTTC | 12-23 | 0.00790 | ||
| DYS572 | AAAT | 8-12 | |||
| DYS573 | TTTA | 8-11 | |||
| DYS575 | AAAT | 8-12 | |||
| DYS576 | AAAG | 13-21 | 0.01022 | ||
| DYS578 | AAAT | 7-10 | |||
| DYS589 | TTATT | 13 | |||
| DYS590 | TTTTG | ||||
| DYS594 | TAAAA | 8-11 | |||
| DYS607 | AAGG | 8-20 | 0.00411 | ||
| DYS612 | |||||
| DYS614 | |||||
| DYS626 | AAAG | ||||
| DYS627 | AAAG | 11-27 | NIST Comm. Kits | ||
| DYS632 | CATT | ||||
| DYS635 | Also known as Y-GATA-C4 | TSTA compound | 17-27 | 0.0046 | NIST fact sheet |
| DYS636 | |||||
| DYS638 | TTTA | 10-12 | |||
| DYS641 | TAAA | 7-11 | |||
| DYS643 | CTTTT | 7-15 | |||
| DYS710 | |||||
| DYS714 | |||||
| DYS716 | CCATT | ||||
| DYS717 | |||||
| DYS724 | Palindromic; also known as CDY | 0.03531 | |||
| DYS725 | Palindromic | ||||
| DYS726 | YSTR marker in the pericentromeric region. | 11-16 | |||
| DYF371 | DYF371 is a multicopy, palindromic region marker. Includes the DYS425 marker & can be informative in cases of null values at that marker. | ||||
| DYF385S1 | Duplicated YSTR marker in close proximity to DYS459 | 9-12 | |||
| DYF387S1 a/b | RAAG | 30-44 | NIST Comm. Kits | ||
| DYF397 | DYF397 is a palindromic region marker. | ||||
DYF399 |
An asymmetric three allele STR locus that can be used to observe deletions and recombinational rearrangements in the palindromic region of the Y chromosome. | 17-29 (many incomplete alleles) | nomenclature | ||
| DYF401 | DYF401 is a palindromic region marker. | ||||
| DYF406S1 | |||||
| DYF408 | DYF408 is a palindromic region marker. | ||||
| DYF411 | DYF411 is a palindromic region marker. | ||||
| DXYS156 | |||||
| YCAII | YCAII is a multi-copy marker which includes YCAIIa & YCAIIb | 0.00123 | |||
| Y-GATA-H4 | TAGA | 8-13 (25-30) | 0.00208 | NIST fact sheet | |
| Y-GATA-C4 | see DYS635 | — | — | — | — |
| Y-GATA-A10 | TAGA | 13-18 | NIST fact sheet | ||
| Y-GGAAT-1B07 | |||||
المراجع
- "Interview with John Butler and Members of the NIST Human Identity Project Team". JoGG. مؤرشف من الأصل في 2016-07-01. اطلع عليه بتاريخ 2012-08-11.
- DYS449 in the GDB Human Genome Database نسخة محفوظة 12 مارس 2020 على موقع واي باك مشين. [وصلة مكسورة]
- Chandler (2006) نسخة محفوظة 29 يونيو 2016 على موقع واي باك مشين. (but see also this mailing list discussion) نسخة محفوظة 29 يونيو 2016 على موقع واي باك مشين.
- GENEALOGY-DNA-L Archives — DYS 388 Mutation Rate? نسخة محفوظة 07 أكتوبر 2007 على موقع واي باك مشين. [وصلة مكسورة]
- Trinucleotide - see #Mutation rates
انظر أيضا
بوابة علم الأحياء التطوري
بوابة علم الأحياء الخلوي والجزيئي
بوابة طب